关于在gromacs中利用UFF力场模拟的问题

yaochuang · 发表于 Post on 2015-1-27 17:03:08

最近在做一个包含Ir原子的有机配合物，分子式如图一。想利用gromacs模拟一下，但是一直没有做出来，还请各位帮我看看！先谢过了！

主要问题是Ir只能使用UFF力场，我利用OBGMX（http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/）在线工具生成了.top 和.itp文件。如图二和图三。

问题就在于结构文件的pdb，我用各种方法转化和生成的pdb文件都不能和top文件中的对应上。然后也把pdb中的名称成和itp中对应的也不行。请问大家利用这种方法时的pdb文件都是怎么生成的呢？

还有个问题就是我在gromacs中也没有找到UFF力场的介绍和力场对应的力场文件，这是怎么回事呢？

sun666 · 发表于 Post on 2021-6-2 09:40:01

请教楼主，金属配合物的问题解决了吗。

tjuptz · 发表于 Post on 2020-12-23 22:29:47

youxx189 发表于 2020-8-28 13:19
您好请问一下，Ir原子在UFF力场下能量最小化后结构发生了变形，这是什么导致的啊，谢谢老师！

力场参数不合适呗

youxx189 · 发表于 Post on 2020-8-28 13:19:41

您好请问一下，Ir原子在UFF力场下能量最小化后结构发生了变形，这是什么导致的啊，谢谢老师！

yaochuang · 发表于 Post on 2015-1-29 08:31:45

sobereva 发表于 2015-1-28 23:32
grompp加上-maxwarn xxx就可以设定warning达到xxx时才不允许执行

啊~ 原来是这样，谢谢sob老师！哈哈~

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-28 23:32:20

yaochuang 发表于 2015-1-28 15:45
谢谢，sob老师，我把原子名改了就可以了！现在这个版本的gmx中超过20个不匹配就不能继续进行了。以前 ...

grompp加上-maxwarn xxx就可以设定warning达到xxx时才不允许执行

yaochuang · 发表于 Post on 2015-1-28 15:45:22

sobereva 发表于 2015-1-28 12:15
这只是警告，不是报错，可以无视。

.itp中有这样的部分

谢谢，sob老师，我把原子名改了就可以了！现在这个版本的gmx中超过20个不匹配就不能继续进行了。以前我总是在pdb中改原子名，看来是不行的。

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-28 12:15:27

这只是警告，不是报错，可以无视。

.itp中有这样的部分
[ atoms ]
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass
1 C_R 1 UFF C_R 1 0.025723 12.0107
2 C_R 1 UFF C_R 2 -0.097501 12.0107
3 C_R 1 UFF C_R 3 -0.119779 12.0107
...
第2列是原子类型，第5列是原子名。实际上，只要你的pdb文件里的原子顺序和这部分的原子顺序一致就行了，就可以正常计算，名字不需要非得一致。但是grompp为了谨慎起见，发现第5列的原子名和结构文件里的原子名对不上，就会警告一下。要想避免警告，就把上面的第5列和pdb文件里的原子名弄一致。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-1-28 10:08:45

sobereva 发表于 2015-1-28 01:39
本身gromacs就不支持UFF力场，而且UFF力场形式本身不能直接被gromacs所支持。OBGMX的作者把UFF力场形式做了 ...

我的具体步骤是：

1：利用gaussian优化分子，并且得到QEq电荷分布。

2：利用gaussianview产生分子的pdb文件，如附件

FIrpic.pdb (5.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)
3：在OBGMX网站上提交以上pdb文件，提交的时候采用的都是是默认的选项，如图一。

4：得到了FIrpic.top 和FIrpic.itp.两个文件，把itp中的[atoms]中对应的charges改为QEq电荷分布。如附件

FIrpic.itp (41.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

FIrpic.top (1.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

5：然后利用pdb，itp，和top在gromacs中模拟。

editconf -f FIrpic.pdb -bt cubic -d 1 -o box.gro
grompp -f em.mdp -p FIrpic.top -c box.gro -o em.tpr

在这儿就报错了，显示box.gro和FIrpic.top中的atom type不匹配，如图二。

然后将pdb中的atom type改为itp中对应的类型，还是出错。所以不知道这个pdb文件要怎样生成呢？试过多种修改方法都不行，其中一种如附件pdb2。

FIrpic2.pdb (3.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

请sob指点！

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-28 01:39:47

本身gromacs就不支持UFF力场，而且UFF力场形式本身不能直接被gromacs所支持。OBGMX的作者把UFF力场形式做了一些近似，才勉强使之能用在gromacs里面。

最好把你详细的操作步骤和相关的文件都贴出来，否则说不清楚。

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