酶与底物结合能能量分解所遇到的问题

azero · 发表于 Post on 2017-10-29 00:39:50

请教大家一个问题
利用Amber中MMPBSA.py进行了能量分解

分解的delta值如图所示
该酶的催化残基为10ASP和120ASP，
但计算结果居然为正值，文献说正值不利于底物结合。。
感觉这个计算结果难以解释。。请教下这是什么原因
谢谢！

PS:蛋白-底物复合模型是利用 modeller 添加env.io.hetatm = True语句同源建模构建，序列与模板相似约为80%(包含该底物)
MD重复多次结果均相似

qiaobeiming · 发表于 Post on 2017-10-29 20:29:13

这个要学习

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-29 14:42:14

根据MMPBSA分解出的具体的项，与实际MD跑出来的结构进行对照，包括考虑位阻、原子电荷等特征，看能否对各个物理项能有个合理的解释

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[综合交流] 酶与底物结合能能量分解所遇到的问题