二聚体的结构优化问题

漫画呱呱呱呱

老师，您好！请教一个问题，激基复合物结构优化时，要想固定一个单体以及两个单体之间的中心距离不变，改变两个单体之间的旋转角（每次改变30°），在Gaussian中如何实现。谢谢！

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liyuanhe211 发表于 2017-11-10 03:10
在G16中容易实现，按 http://gaussian.com/opt/ 中对GIC的说明写出相应变量即可，比如其中就有扫描团簇质心 ...

老师 我这只有G09 没有G16 也是同样的方法吗

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小范范1989 发表于 2017-11-10 08:13
咨询一下楼主，楼主打算这样来计算激基复合物的一些属性吗？参考依据是什么呢？因为我最近也想做激基复合物 ...

我也是刚开始 现在在摸索阶段

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liyuanhe211 发表于 2017-11-10 03:10
在G16中容易实现，按 http://gaussian.com/opt/ 中对GIC的说明写出相应变量即可，比如其中就有扫描团簇质心 ...

好的 谢谢 我学习一下 不会再请教您

小范范1989

咨询一下楼主，楼主打算这样来计算激基复合物的一些属性吗？参考依据是什么呢？因为我最近也想做激基复合物，但是不知道该如何做，谢谢指点。

liyuanhe211

在G16中容易实现，按 http://gaussian.com/opt/ 中对GIC的说明写出相应变量即可，比如其中就有扫描团簇质心距离的例子：

1. The following example first defines the centroids of two fragments. Then, it defines the interfragment distance as an optimization coordinate:
   
2. 
   
3. Define the center of Fragment 1, but don't include it in the optimization.
   
4. XC1(Inactive)=XCntr(1-10)
   
5. YC1(Inactive)=YCntr(1-10)
   
6. ZC1(Inactive)=ZCntr(1-10)
   
7. Define the center of Fragment 2, but don't include it in the optimization.
   
8. XC2(Inactive)=XCntr(11-21)
   
9. YC2(Inactive)=YCntr(11-21)
   
10. ZC2(Inactive)=ZCntr(11-21)
    
11. Define the distance F1-F2 and include it in the optimization. Its value will be reported in Å:
    
12. F1F2=sqrt[(XC1-XC2)^2+(YC1-YC2)^2+(ZC1-ZC2)^2]*0.529177
    
13. The following example requests a relaxed PES scan over the same coordinate:
    
14. 
    
15. F1F2(NSteps=10,StepSize=0.2)

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