关于gaussian计算时读写文件大小上限的问题

兵库北先生

问题描述：最近组里新买了一组集群，发现不知道为何当读写文件到19G的时候总是会强行停止计算，gaussian计算输出文件也是不报任何错误。

环境：
一台管理节点加四台运算节点，用PBS提交任务。

e5 2620 v4 * 2， 32g 内存， 128g ssd。
gaussian 09E

初步尝试过:
1.如果先后或者同时提交两个作业，那也是都到19G都停止，应该不是系统对用户使用磁盘有限制。
2.直接登陆到计算节点运行g09作业，也是到19G停止，怀疑也不是PBS对磁盘有限制。
3.计算文件绝对没问题，同样的文件提交到别的机子上都能正常算出来。

不知道各位有没有遇到这种情况，希望不吝指教。

兵库北先生

doris 发表于 2018-1-24 21:21
你好，我遇到相同的问题，想问下楼主的问题是否已解决。具体的问题是什么？怎么解决的？非常感谢

后来发现是gaussian软件的问题，删了重装解决。

doris

兵库北先生 发表于 2017-11-15 13:48
好的，我试试看。

你好，我遇到相同的问题，想问下楼主的问题是否已解决。具体的问题是什么？怎么解决的？非常感谢

兵库北先生

Daniel_Arndt 发表于 2017-11-15 10:50
试试看拆分rwf文件吧：“%rwf=1.rwf,18GB,2.rwf,18GB,3.rwf,18GB”。

好的，我试试看。

Daniel_Arndt

试试看拆分rwf文件吧：“%rwf=1.rwf,18GB,2.rwf,18GB,3.rwf,18GB”。

abin

兵库北先生 发表于 2017-11-14 08:51
感谢回复，使用quota和repquota查看么？好像没有任何输出，是没有限制的意思吧？

指令具体用法看手册吧。

比如，我管理的机器有限定， 输出如下：
[root@mu01 ~]# repquota -s /dev/sdb1
*** Report for user quotas on device /dev/sdb1
Block grace time: 7days; Inode grace time: 7days
                        Block limits                File limits
User            used    soft    hard  grace    used  soft  hard  grace
----------------------------------------------------------------------
root      --   23088       0       0             16     0     0      
g09       --     124       0       0             29     0     0      
inspur    --   62692       0       0            312     0     0      
ms5.5     --     112       0       0             25     0     0      
test      --   4459M    300G    400G           1229  3000  4000      
tom   --  21134M       0       0           2788     0     0      
jack     --    6272       0       0            128     0     0      
tempshare  --      48       0       0             12     0     0      
#521      --    902M    380G    400G            176  200k  200k      
#524      --  43944M    380G    400G           1179  200k  200k      


[root@mu01 ~]#

但是指令使用错误，什么信息都没有的。

兵库北先生

abin 发表于 2017-11-13 12:04
查查磁盘配额有没有限制， 是否限制单个文件大小？

感谢回复，使用quota和repquota查看么？好像没有任何输出，是没有限制的意思吧？

兵库北先生

liyuanhe211 发表于 2017-11-13 11:56
64位的高斯没限制。我写到过290GB。“同样的文件在别的机器上能跑出来”不就说明高斯没有这个限制？

感谢回复，我也觉得应该不是高斯的限制。不过应该是什么问题呢？

abin

查查磁盘配额有没有限制， 是否限制单个文件大小？

liyuanhe211

64位的高斯没限制。我写到过290GB。“同样的文件在别的机器上能跑出来”不就说明高斯没有这个限制？