如何进行混合溶剂的模拟

zdy · 发表于 Post on 2017-11-15 10:32:41

纯质的模拟过程已经基本上掌握了，但是两种物质的混合的模拟如何添加溶剂进行两种物质的混合模拟，同时如何控制两种混合物的配比问题？谢谢

xptracy · 发表于 Post on 2022-5-16 21:51:24

abdoman 发表于 2017-11-17 21:53
可以用packmol
1. 先根据2楼说的，算出分子数目比值
2. 构建单体的pdb

您好，我想问一下，根据摩尔比怎么算出分子数之比.

zdy · 发表于 Post on 2017-12-11 20:34:35

abdoman 发表于 2017-12-11 20:04
你查一下这个软件的用法就知道了。
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/home.shtml

有没有比较简单的命令就可以实现的，不用其他额外的软件，只用gromacs的命令可以实现吗

zdy · 发表于 Post on 2017-12-11 20:24:29

liyuanhe211 发表于 2017-11-15 12:44
做盒子的时候按照摩尔比加入相应数量的两种分子就可以了

您好，我现在混合只能混合1比多少的，我是写了一个混合拓扑文件，然后两种物质的结构文件，然后用其中的一种物质的结构文件建立了一个盒子 gmx editconf -f fws.gro -o fws-PBC.gro -bt cubic -c -d 1.1 ；
然后在这个盒子里填充SOL物质的结构，是利用命令：gmx solvate -cp fws-PBC.gro -cs decane.gro -p hunhe.top -maxsol 9 -o tcrj.gro ；这样两种物质就按照1：9的比例混合了。但是这样混合出来第一种物质分子数只能为1，我想知道有什么命令可以简单的实现任何比例的混合。不利用其他软件，用gromacs中简单的命令能实现的，谢谢

abdoman · 发表于 Post on 2017-12-11 20:04:23

zdy 发表于 2017-12-11 19:28
分子之比懂了，后面两个问题还不太懂

你查一下这个软件的用法就知道了。
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/home.shtml

每个单体的结构（比如pdb格式）
程序会随机放在一个预定义大小的盒子里面，然后简单的优化。

zdy · 发表于 Post on 2017-12-11 19:28:15

abdoman 发表于 2017-11-17 21:53
可以用packmol
1. 先根据2楼说的，算出分子数目比值
2. 构建单体的pdb

分子之比懂了，后面两个问题还不太懂

zdy · 发表于 Post on 2017-12-11 19:21:33

abdoman 发表于 2017-11-17 21:53
可以用packmol
1. 先根据2楼说的，算出分子数目比值
2. 构建单体的pdb

您好，我想问一下，根据摩尔比怎么算出分子数之比啊，还有就是第二步中的.pdb文件是不是就是.gro 文件？第三步具体的命令是什么？您能举个简单的例子回答我吗，非常感谢。

分子模拟初学者 · 发表于 Post on 2017-12-5 10:16:59

zdy 发表于 2017-11-15 16:50
您好，能不能具体的说一下需要的命令啊？

需要用的命令已经写出来了，命令具体内容可以通过输入命令名 -h 查看具体的输入输出参数，
cat命令为 cat A文件 B文件 >要生成的文件

zdy · 发表于 Post on 2017-11-30 09:38:36

abdoman 发表于 2017-11-17 21:53
可以用packmol
1. 先根据2楼说的，算出分子数目比值
2. 构建单体的pdb

谢谢

zdy · 发表于 Post on 2017-11-30 09:38:25

分子模拟初学者发表于 2017-11-17 16:45
可以通过建立多个盒子的方法实现。具体步骤为：
（1）使用genconf建立含A物质的矩形盒子，物质数量按照配 ...

谢谢

abdoman · 发表于 Post on 2017-11-17 21:53:37

可以用packmol
1. 先根据2楼说的，算出分子数目比值
2. 构建单体的pdb
3. 放在一个盒子里即可

分子模拟初学者 · 发表于 Post on 2017-11-17 16:45:42

本帖最后由分子模拟初学者于 2017-12-5 10:14 编辑

可以通过建立多个盒子的方法实现。具体步骤为：
（1）使用genconf建立含A物质的矩形盒子，物质数量按照配比计算，假设A盒子尺寸为a1xb1xc1
（2）使用genconf建立含B物质的矩形盒子，物质数量按照配比计算,假设B盒子尺寸为b1xc1d1
注：A、B矩形盒子最好有一个面的尺寸相似
(3)使用editconf命令给A重新建立一个盒子C，假设A、B两个盒子在ab平面上尺寸类似，那么这个新建立的盒子的尺寸为EXFXG,其中要保证E>a1和a2,F>b1和b2,G=d1+d2,A物质的质心设在（E/2，F/2,c1/2）处
（4）使用同样的方法建立盒子建立和盒子C形状大小一致的盒子D，B物质的质心设在（E/2，F/2，c1+c2/2）处。
（5）合并两个盒子C和D，有教程说可以使用solvate命令，我在gromacs5.0.4版本中试过，但是效果不好。可以在linux环境下使用CAT命令将C和D两个盒子合并在一起，然后删除中间段代表原子数和文件名还有C盒子大小的三行。最后更改文件总的原子数，大功告成

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-15 17:24:37

zdy 发表于 2017-11-15 16:50
您好，能不能具体的说一下需要的命令啊？

gmx solvate的时候用-maxsol，或者gmx insert-molecules的时候用-nmol指定最多加多少分子

zdy · 发表于 Post on 2017-11-15 16:50:30

liyuanhe211 发表于 2017-11-15 12:44
做盒子的时候按照摩尔比加入相应数量的两种分子就可以了

您好，能不能具体的说一下需要的命令啊？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-11-15 12:44:46

做盒子的时候按照摩尔比加入相应数量的两种分子就可以了

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