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[新手求助] 过渡态搜索多分子反应结构优化问题

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看到Sob老师的帖子里一句话:如果是多分子比如A+B=C+D这样的反应,应当优化A和B/C和D的复合物作为输入的产物/产物,而不是单独优化A、B然后拼到一起,因为形成范德华复合物后孤立的分子会有一定构象改变,能量也低于它们孤立状态的加和。请问多分子反应找过渡态反应物和产物该怎么优化呢,我现在优化后产物老会往反应物结构上跑,离远了也不知道对不对,而且虚频也很多。困扰很久了,请教各位大佬指教,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-17 11:07:21 | 只看该作者 Only view this author
Do@yourself 发表于 2018-1-16 18:34
Sob老师MgCl2团簇就是一些文献中提到的晶胞分割后再加上一定厚度的真空层的“盒子”吗?

Sob老师。我用Opt=Ts方法后计算过程总是出现问题,请您帮我看看哪有问题,谢谢老师!

mgcl2.h2o.zip

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发表于 Post on 2018-1-16 19:46:51 | 只看该作者 Only view this author
Do@yourself 发表于 2018-1-16 18:34
Sob老师MgCl2团簇就是一些文献中提到的晶胞分割后再加上一定厚度的真空层的“盒子”吗?


量化程序诸如高斯算团簇体系根本用不着设盒子,对这类体系精度和效率也远比第一性原理程序高
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-16 18:34:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-16 17:39
你把MgCl2作为团簇,可以用高斯研究

Sob老师MgCl2团簇就是一些文献中提到的晶胞分割后再加上一定厚度的真空层的“盒子”吗?

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发表于 Post on 2018-1-16 17:39:01 | 只看该作者 Only view this author
Do@yourself 发表于 2018-1-16 15:56
好的,谢谢老师,我想找的是MgCl2.H2O=MgOHCl+HCl的过渡态,如果单分子结构找成功了,我想用晶胞结构找这 ...

你把MgCl2作为团簇,可以用高斯研究
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-16 15:56:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-16 15:19
opt=TS比QST2好用、简单得多得多!有一定研究经验的人基本用的都是opt=TS,而QST2大部分用途就是用来坑 ...

好的,谢谢老师,我想找的是MgCl2.H2O=MgOHCl+HCl的过渡态,如果单分子结构找成功了,我想用晶胞结构找这个过渡态,这样的话高斯应该是适用于我的体系吧。

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发表于 Post on 2018-1-16 15:19:10 | 只看该作者 Only view this author
Do@yourself 发表于 2018-1-16 15:04
Sob老师opt=TS还不太会用,如果我想用QST2找过渡态的话,那多个反应物的情况该怎么优化呢?我现在一优化产 ...


opt=TS比QST2好用、简单得多得多!有一定研究经验的人基本用的都是opt=TS,而QST2大部分用途就是用来坑新人
尤其是涉及到多分子反应,你用QST2还得确保反应/产物复合物结构正好对应于IRC两端结构,这往往很难搞,远不如直接摆个基本靠谱的TS结构用opt=TS
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sobereva 发表于 2017-11-30 17:26
显然不是。你那说的是QST2,绝大多数情形都是用opt=TS,直接给过渡态初猜

Sob老师opt=TS还不太会用,如果我想用QST2找过渡态的话,那多个反应物的情况该怎么优化呢?我现在一优化产物就会回到反应物上。谢谢!

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Do@yourself 发表于 2017-11-30 16:53
Sobl老师您的意思就是先找过渡态,然后通过优化得到反应物和产物吗?高斯的过渡态搜索不是需要输入反应物 ...

显然不是。你那说的是QST2,绝大多数情形都是用opt=TS,直接给过渡态初猜
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-30 16:53:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-30 15:55
看具体情况,如果过渡态比较好找到,走IRC,对两侧结构优化就得到了反应复合物和产物复合物

Sobl老师您的意思就是先找过渡态,然后通过优化得到反应物和产物吗?高斯的过渡态搜索不是需要输入反应物和产物才能找过渡态吗?谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-11-30 15:55:29 | 只看该作者 Only view this author
看具体情况,如果过渡态比较好找到,走IRC,对两侧结构优化就得到了反应复合物和产物复合物
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