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[GROMACS] 怎样使用gmx计算有机分子在水中的溶解度?

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如题,计算不同有机溶质分子在水中的溶解度对比,具体是通过计算什么来表征溶解度的?

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发表于 Post on 2023-7-5 02:49:14 | 只看该作者 Only view this author
scprosper 发表于 2023-7-4 21:26
请问老师,既然升华自由能和溶剂没有关系,可否仅凭借溶解自由能判断物质在不同溶剂中的溶解能力,从而排 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-7-4 21:26:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-1-29 12:09
这里的升华自由能没有溶剂的事,是固体在气相外环境下的升华
本质上是作为构建热力学循环的一部分

请问老师,既然升华自由能和溶剂没有关系,可否仅凭借溶解自由能判断物质在不同溶剂中的溶解能力,从而排一个顺序,对溶剂的选择提供一个指导呢?

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发表于 Post on 2023-1-29 12:09:17 | 只看该作者 Only view this author
Yushiki 发表于 2023-1-29 09:45
老师,同种物质的升华自由能在不同种溶剂的液体压强下,是否会有较大的差异?(文献中相似的情况都把升华 ...

这里的升华自由能没有溶剂的事,是固体在气相外环境下的升华
本质上是作为构建热力学循环的一部分

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发表于 Post on 2023-1-29 09:45:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-1-28 22:31
笔误。升华自由能

老师,同种物质的升华自由能在不同种溶剂的液体压强下,是否会有较大的差异?(文献中相似的情况都把升华自由能当成固定值消去了)

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发表于 Post on 2023-1-28 22:31:28 | 只看该作者 Only view this author
Yushiki 发表于 2023-1-28 21:52
老师,我有两个疑惑
1、您说固体打散成单个分子对应自由能变化对应蒸发自由能,而蒸发不是液体的性质吗 ...

笔误。升华自由能
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发表于 Post on 2023-1-28 21:52:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-31 20:40
溶解自由能一般说的是单个分子溶解过程的自由能变化,而一个固体打散成单个分子过程的自由能变化对应于蒸 ...

老师,我有两个疑惑
1、您说固体打散成单个分子对应自由能变化对应蒸发自由能,而蒸发不是液体的性质吗?
2、相同固体在不同液相体系下的蒸发自由能是否一样呢?

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发表于 Post on 2020-5-31 20:40:57 | 只看该作者 Only view this author
vimalakirti_lee 发表于 2020-5-31 16:54
老师,请问为什么还要算蒸发自由能?直接用溶解自由能deltG=-RTlnK来计算平衡常数可以吗?蒸发自由能是要 ...

溶解自由能一般说的是单个分子溶解过程的自由能变化,而一个固体打散成单个分子过程的自由能变化对应于蒸发自由能。从热力学循环的角度来说固体的溶解过程的自由能变是二者的加和。算的方式多搜搜肯定找得到
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sobereva 发表于 2017-12-3 15:49
计算蒸发自由能,以及溶解自由能,二者加和,可以考察溶解过程自由能的变化,由此可衡量溶解能力

老师,请问为什么还要算蒸发自由能?直接用溶解自由能deltG=-RTlnK来计算平衡常数可以吗?蒸发自由能是要怎么算呢?谢谢社长。

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发表于 Post on 2019-7-2 10:50:22 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-7-1 15:17
请问老师如何用gmx计算蒸发自由能和溶解自由能呢,用什么命令呢?

溶解自由能可以用FEP方法,这里有例子http://www.mdtutorials.com/gmx/free_energy/index.html(是否靠谱我不确定,我没仔细看过)

算蒸发焓的文章很多,随便一搜就有,比如很多水模型的文章里都有计算。然后再把-T*deltaS考虑进去就完了

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发表于 Post on 2019-7-1 15:17:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-3 15:49
计算蒸发自由能,以及溶解自由能,二者加和,可以考察溶解过程自由能的变化,由此可衡量溶解能力

请问老师如何用gmx计算蒸发自由能和溶解自由能呢,用什么命令呢?

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发表于 Post on 2018-9-7 16:49:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-3 15:49
计算蒸发自由能,以及溶解自由能,二者加和,可以考察溶解过程自由能的变化,由此可衡量溶解能力

可否推荐几篇文献?

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发表于 Post on 2018-1-27 16:21:56 | 只看该作者 Only view this author
分子动力学模拟可以计算溶解度参数,有文献,具体操作我还没研究明白,可以先看看这个文章:
Gupta, J.; Nunes, C.; Vyas, S.; Jonnalagadda, S., Prediction of solubility parameters and miscibility of pharmaceutical compounds by molecular dynamics simulations. J Phys Chem B 2011, 115, 2014-23.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-7 08:51:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-6 17:50
动力学可以考虑温度、构象变化等因素,可以更真实考虑实际环境的影响。
量化计算精度更高,但没法考虑 ...

恩呢,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2017-12-6 17:50:05 | 只看该作者 Only view this author
苏玖染 发表于 2017-12-6 14:56
谢谢老师,还想请问一下,用分子动力学模拟研究自由能和结合能之类的,和用量化计算研究,两者之间有可比 ...


动力学可以考虑温度、构象变化等因素,可以更真实考虑实际环境的影响。
量化计算精度更高,但没法考虑上述因素。
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