资料求助

Gratitude_zy · 发表于 Post on 2015-2-5 21:56:24

MS呢鞥否建粗粒化模型，需要用到哪些模块，希望懂的人指导一二，谢了。

Gratitude_zy · 发表于 Post on 2015-2-6 10:21:34

sobereva 发表于 2015-2-6 09:32
是的。论坛里和MS有关的讨论大多在第一性原理板块，多是和CASTEP有关的，和MS的分子模拟相关讨论是不多， ...

恩，但是我是学lammps的，lammps的话做粗粒化使用moltemplate插件，但是我最近在调试官网上给的例子，总是会出现Error：invalid pair_coeff，看了源文件，感觉好像没有明显的错误，不知道怎么解决。

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-6 09:32:06

Gratitude_zy 发表于 2015-2-6 08:44
好的，谢谢。感觉论坛上关于MS的帖子不多，希望以后大家能多分享一些相关资料，我自己也会注意整理的。谢谢 ...

是的。论坛里和MS有关的讨论大多在第一性原理板块，多是和CASTEP有关的，和MS的分子模拟相关讨论是不多，毕竟用的人相对也相对较少。像是粗粒化模拟，用MS又贵，又有很多其它免费程序能代替。比如基于MARTINI做粗粒化用gromacs就很适合也很快，做DPD也有HOOMD、DPDmacs之类免费的能用。

Gratitude_zy · 发表于 Post on 2015-2-6 08:44:14

好的，谢谢。感觉论坛上关于MS的帖子不多，希望以后大家能多分享一些相关资料，我自己也会注意整理的。谢谢Sober老师。

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-6 07:36:49

可以用DPD和Mesocite模块。
DPD模块只是做常规的DPD模拟。限制很大，没法自定义初始体系结构。

Mesocite是做粗粒化的普通介观动力学的，也支持DPD且比DPD模块强得多。支持MS Martini力场（MARTINI力场的稍微修改版）、Shinoda2007和自建力场。

MS自带的help里的tutorial就有实例，建议先照着练练。

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