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[Amber] 请问一下文件格式为NetCDF和ASCII之间怎么转化的呢？

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楼主

发表于 Post on 2017-12-11 22:27:52 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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在做amber动力学模拟时，得到的mdcrd轨迹文件，该文件为NetCDF格式，请问cpptraj如何把这个格式改为ASCII格式？

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发表于 Post on 2023-11-6 17:04:16 | 只看该作者 Only view this author

老师您好，请问如果想反过来，amber的nc轨迹文件，该文件为ASCII格式，请问cpptraj如何把这个格式改为NetCDF格式呢？（因为在用于处理MSM马尔可夫时报错：Could not obtain info for file data/06_LiGaMd_1.nc. Original error was Error: data/06_LiGaMd_1.nc is not a valid NetCDF 3 file）谢谢您

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发表于 Post on 2023-5-4 10:54:26 | 只看该作者 Only view this author

cpptraj -p ionicbox.prmtop -y 1.mdcrd -x 2.mdcrd
这样换出来的还是mdcrd格式，但是变成ascii码了
a NetCDF AMBER trajectory with coordinates变成 an AMBER trajectory

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发表于 Post on 2020-6-19 17:49:15 | 只看该作者 Only view this author

可用CPPTRAJ程序转换：
cpptraj -p ionicbox.prmtop -y md.mdcrd -x md.dcd

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发表于 Post on 2018-6-9 15:49:36 | 只看该作者 Only view this author

请问楼主，这两种格式转化的方法找到了吗？

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楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-14 17:42:14 | 只看该作者 Only view this author

beyond 发表于 2017-12-12 00:39
用trajin读入你的mdcrd轨迹文件，再用trajout输出你想要的格式

非常感谢您的回复，我是一个新手，在得到您的答复后我去查看了一下手册，不过没能找到（还是不太熟悉），请问一下该怎么样输入命令？比如我的mdcrd文件为：1.mdcrd

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发表于 Post on 2017-12-12 00:39:03 | 只看该作者 Only view this author

用trajin读入你的mdcrd轨迹文件，再用trajout输出你想要的格式

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