关于可及表面积的计算...

kunkun

我时隔两月.对通一条轨迹进行gmx sasa分析..
gmx sasa -f MDnojump -s MD.tpr -or  -surface      group选的是protein
出来的结果两次不一样..弄了一下午 光是等分析的时间..也是醉了。

1：
legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "Average (nm\S2\N)"
@ s1 legend "Standard deviation (nm\S2\N)"
       2    1.173    0.127
       2    0.166    0.079
       2    0.871    0.128
       2    0.032    0.039
       2    0.699    0.108
       2    0.141    0.113
       2    1.083    0.184
       2    0.672    0.105
       3    1.103    0.184
       3    0.321    0.104
       3    0.450    0.092
       3    0.003    0.011
   

2：
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "Average (nm\S2\N)"
@ s1 legend "Standard deviation (nm\S2\N)"
       2    1.944    0.262
       3    0.306    0.193
       4    0.618    0.157
       5    0.103    0.085
       6    0.400    0.145
       7    0.061    0.110
       8    1.208    0.228
       9    1.626    0.181
      10    1.375    0.202
      11    0.010    0.041
      12    0.163    0.114



同样是一条轨迹，为何氨基酸的序列号却会被打乱。。且数据都不对。。但是他们的总数是一致的。
请问下sob老师这如何破..
在处理pdb时，由于有修饰氨基酸，我直接去掉了，并没有把pdb的起始序号更正。。但是怎么第一次就可以计算平均每个residue的SASA。。
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后来我仔细对比了一下，gmx sasa -or命令 把residue误认为atom了。默认只输出了我氨基酸总数那么多的原子...gmx bug了么