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[Multiwfn使用咨询] 关于使用Multiwfn图形化研究弱相互作用一文中的提问

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老师,您好,拜读了博文http://sobereva.com/68的使用Multiwfn图形化研究弱相互作用,对其中您提到的位阻效应很感兴趣,我有三个结构需要用位阻效应来解释,请问位阻效应有没有定量表征的计算方法?

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发表于 Post on 2020-4-6 15:35:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-17 13:20
起码用考虑色散校正的半经验或者GFN-xTB优化。MM太糙。
如果还有问题,截个图我看看。
只要结构恰当优 ...

感谢大神指点,已解决。重新优化后结果便合理了

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发表于 Post on 2020-3-17 13:20:55 | 只看该作者 Only view this author
Andie 发表于 2020-3-17 00:44
谢谢您的回复!结构较大,之前用MM的方法粗略优化过

起码用考虑色散校正的半经验或者GFN-xTB优化。MM太糙。
如果还有问题,截个图我看看。
只要结构恰当优化了,除非是二氢键,否则基本没有可能两个氢之间还能有蓝色等值面。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-3-17 00:44:25 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-15 00:26
结构合理优化过了么?看sobereva.com/68的11.2节试试

谢谢您的回复!结构较大,之前用MM的方法粗略优化过

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发表于 Post on 2020-3-15 00:26:07 | 只看该作者 Only view this author
Andie 发表于 2020-3-14 22:43
老师,您好,想请教您我用IGM做一个复合物之间的弱相互作用分析,其中两个H原子(周边原子均是C,无其他特 ...

结构合理优化过了么?看sobereva.com/68的11.2节试试

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发表于 Post on 2020-3-14 22:43:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-26 23:52
这两个问题没有直接关系

老师,您好,想请教您我用IGM做一个复合物之间的弱相互作用分析,其中两个H原子(周边原子均是C,无其他特殊原子)之间的等值面表现为蓝色,强吸引作用,既不是氢键又不是强卤键,请问该如何解释?

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发表于 Post on 2018-1-26 23:52:01 | 只看该作者 Only view this author
ltotorosy 发表于 2018-1-26 21:14
您说的对,用multiwfn做出来的图确实体积大,积分出来的数值也大,但是和我想的周遭空间位阻大,金属原子 ...

这两个问题没有直接关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-26 21:14:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-26 19:09
估计是操作问题,对某些数据没理解对之类。
你当前应该就是想说明红色区域的体积,你看到的体积大,只要 ...

您说的对,用multiwfn做出来的图确实体积大,积分出来的数值也大,但是和我想的周遭空间位阻大,金属原子高度就小的结论不一致,自己也没有找到文献支持。

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发表于 Post on 2018-1-26 19:09:28 | 只看该作者 Only view this author
ltotorosy 发表于 2018-1-26 18:29
Sob老师,根据您的教程计算出三个图,想用这个图来表明红色金属原子距离周遭蓝色原子的拔起高度,拔起高 ...

估计是操作问题,对某些数据没理解对之类。
你当前应该就是想说明红色区域的体积,你看到的体积大,只要计算过程正确,积分出来的等值面内包含的体积也一定大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-26 18:29:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-19 13:35
看Multiwfn手册4.200.14节,有对RDG等值面内进行积分的例子。不过这种做法对于衡量位阻作用强度,还很少有 ...

Sob老师,根据您的教程计算出三个图,想用这个图来表明红色金属原子距离周遭蓝色原子的拔起高度,拔起高度为:SV>DV>DVN4,而计算出的积分值顺序为:SV<DVN4<DV,查文献也查不到相关的,不知道该怎么解释

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-19 19:40:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-19 13:35
看Multiwfn手册4.200.14节,有对RDG等值面内进行积分的例子。不过这种做法对于衡量位阻作用强度,还很少有 ...

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2018-1-19 13:35:41 | 只看该作者 Only view this author
看Multiwfn手册4.200.14节,有对RDG等值面内进行积分的例子。不过这种做法对于衡量位阻作用强度,还很少有文章考察。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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冰释之川 发表于 2018-1-19 10:43
可以对位阻区域的RDG等值面所包络的封闭空间进行积分,这功能Multiwfn可以实现

谢谢您的答复,刚刚计算出一个结构,做了等值面图,如图所示。这种如何进行积分呢?

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发表于 Post on 2018-1-19 10:43:04 | 只看该作者 Only view this author
可以对位阻区域的RDG等值面所包络的封闭空间进行积分,这功能Multiwfn可以实现
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