NEB+dimer计算过渡态经验-无VTST篇

夜夜衣

有时间更新vtst篇的 自带的容易被质疑 就不误人子弟了

单单

小枫叶 发表于 2020-6-11 11:27
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你好请问你的INCAR是哪个参数缺少了呢？我也遇到了同样的问题，不知道怎么解决，谢谢

billcsu

小段不可爱 发表于 2020-9-19 08:54
您好，我是刚学vasp计算的新手，也想尝试sky用Dimer计算过渡态的方法（http://bbs.keinsci.com/thread-7493 ...

就是exfreq.py

123wo

123wo 发表于 2023-12-7 20:54
最新的发现是如果没有在频率计算时INCAR添加NWRITE=3的话，就会报这个错

还有一个原因，就是这个结构根本没有虚频，此时也会报类似的错误

Persona

夜夜衣 发表于 2020-5-29 21:20
回复你这个问题我其实有点纠结，我算dimer其实也很不好收敛，我都是在计算多少步之后把结构挑出来算频率 ...

楼主想问一下，本人刚学vasp，安装了vtst但是没有编译能否用vtst的cl-neb方法计算？我用cl-neb算了以下然后nebef.pl输出，力的那一列全是0。我插入了5个节点,但是05那个文件只输出了和poscar内容一样的poscar_orig文件，别的都没有,而且能量也没有收敛。不知道我还能用vtst方法继续做吗？我目前只是粗略测试看看能垒是怎样的。以下是我的INCAR.


SYSTEM = any

ISMEAR = 0
SIGMA  = 0.05

PREC   = normal
ENCUT  = 300
EDIFF  = 1.0E-7

ISIF = 2
#ISPIN = 1
NSW    = 1000
#EDIFFG = -0.025


NPAR   = 12
IVDW=11
#KPAR= 3

LREAL=Auto
#KPAR = 4

ADDGRID = TRUE

#NBANDS=1680

#LSCALAPACK = .FALSE

SYMPREC = 1E-6
NELM = 500

# NEB
#NSW = 20
EDIFFG = -0.01            # max forces: 0.1eV/AA
ELMIN = 5                 # at least 5 el. scf steps  for each ionic step
IMAGES = 5               # 2 intermediate geometries for  the NEB
SPRING = -5               # spring constant


IBRION =3
POTIM = 0
IOPT = 1
ICHAIN = 0
LCLIMB = .TRUE
"INCAR" 44L, 577C        

123wo

小枫叶 发表于 2020-2-24 21:41
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最新的发现是如果没有在频率计算时INCAR添加NWRITE=3的话，就会报这个错

Lilunjisuan

小枫叶 发表于 2020-2-24 21:41
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你好，我最近也需要使用dimer方法来计算过渡态。出现的一个问题与你遇见的问题一样，出现这个ERROR，向问一问这个应该怎么解决呢？

csuhyy

第二个INCAR，为什么加NFREE=2，这个不是用来算震动频率的吗？还有如果不用VTST的优化方法，不是要设置IOPT=0吗？

1143310726

您好，我使用CP2K进行dimer计算的时候，结构总是从初猜优化到末态，相关参数已经调得比较小了，但是还是出现这个问题，请问该如何进行调整

999938825

楼主好！终于找到一个问题一样的人了，我的vtst也是感觉没在起作用，能量基本一点不变，难道只能用vasp自带的neb方法了吗？请问楼主解决vtst编译问题了吗？

shaddock

小枫叶 发表于 2020-2-24 21:41
楼主，您好，我看了您的帖子帮助蛮大，就是我不知道为何用您的方法，参数设置，却总是在第一步刚要跑完时却 ...

您好，我出现了一样的问题，请问怎么解决呢，非常非常感谢！！！

小段不可爱

您好，我是刚学vasp计算的新手，也想尝试sky用Dimer计算过渡态的方法（http://bbs.keinsci.com/thread-7493-1-1.html），但是文中的imagefreq.py脚本在链接中找不到了。可以麻烦您将脚本分享一下吗？十分感谢。

将军金甲夜不脱

下午茶 发表于 2019-12-13 15:19
您好！我刚接触vasp,看了您的帖子，有几个问题想向您请教1.这是我优化的初态和末态，算NEB时需要初态和 ...

你好，这个问题你现在明白了吗？我也遇到了同样问题

小枫叶

夜夜衣 发表于 2020-5-29 21:20
回复你这个问题我其实有点纠结，我算dimer其实也很不好收敛，我都是在计算多少步之后把结构挑出来算频率 ...

感谢楼主回复，经过测试，发现的确是因为INCAR参数丢失一个，目前DIMER可以跑起来了。搬好板凳蹲一波楼主的新作，嘿嘿。

夜夜衣

小枫叶 发表于 2020-5-22 23:17
感谢您的回复，我还有两个问题想请教一下您。
1。就是我想问一下我把MODECAR单独拿出来之后，第一步结束 ...

回复你这个问题我其实有点纠结，我算dimer其实也很不好收敛，我都是在计算多少步之后把结构挑出来算频率，看震动，如果符合一个大虚频 振动方向也对，不管dimer计算收敛不收敛我就停止计算了，但是现在我一般都是用CINEB计算过渡态，我觉得还比较好用，现在比较少用dime了。你第一个问题，你既然能用neb.ef想来你应该是安装了VTST的，你用nebef脚输出的各列都应有数，特别是切线力，而不是都为零。至于你说dimercar没出来，肯定是你的输入文件的问题。第二个问题，我以前写的这个还是比教片面，近期我会根据我的经验重新写一部分vtst计算过渡态的部分，可不用dimer，也能较为精准的定位过渡态，最重要的是nebspline.pl这个绘制出来的势能面图得好看 也就是一个漂亮的山峰型，并且力收敛，才能真正确定是过渡态，若是那种波浪型，那肯定是错的，。基元反应的势能面应该是很好看的，要么INACAR不行，要么 你的IS和FS没设计好。