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[GROMACS] 各个组能量及相互作用能(库伦相互作用能, 范德华相互作用能等)计算的问题

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本帖最后由 苏玖染 于 2018-3-8 11:09 编辑

我将两种有机阴离子(染料分子,原子数都为50左右,都带两个负电荷)在水溶液中的平衡模拟跑完之后,从轨迹中把水分子和中和电荷的钠离子去掉,定义能量组,-rerun之后,可以用gmx energy 得到两种有机阴离子的范德华和库伦作用能,请问计算的带SR的是不是就是分子间的作用能?1-4的是不是就是分子内14相互作用能?为啥我得到的结果,同种分子的库伦SR都为正的,而异种分子的库伦SR为负的?难道他们两个吸引?应该不会啊,两种染料分子的结构相似啊,请问这是为什么?

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发表于 Post on 2021-7-18 02:43:48 | 只看该作者 Only view this author
CruiseBend 发表于 2021-7-1 11:06
老师好,想问下gmx energy中Etotal是包含了范德华的长短程和库伦的长短程吗?

包含了
也包含成键作用项
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-7-1 11:06:27 | 只看该作者 Only view this author
老师好,想问下gmx energy中Etotal是包含了范德华的长短程和库伦的长短程吗?

202107011103096457..png (32.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

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发表于 Post on 2019-12-5 15:04:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-5 12:35
越负越强。负=吸引;正=排斥

感谢老师指点!

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发表于 Post on 2019-12-5 12:35:17 | 只看该作者 Only view this author
Black-Mamba2018 发表于 2019-12-5 11:34
sob老师,您好!当把两个组间静电和范德华作用能两列相加,得到总的相互作用能,总的作用能越负,能说明 ...

越负越强。负=吸引;正=排斥
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发表于 Post on 2019-12-5 11:34:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-8 17:02
其实完全没必要把水和钠离子去掉,能量组只定义有机阴离子,那么其它离子并不会对组间SR能量输出有任何影响 ...

sob老师,您好!当把两个组间静电和范德华作用能两列相加,得到总的相互作用能,总的作用能越负,能说明两个组间非键相互作用越强吗?这个正负符号代表什么意思,吸引或者排斥吗?恳请老师指点一二,谢谢.

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发表于 Post on 2019-12-2 10:21:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-29 08:36
这本来就不是一种弱相互作用,疏水作用是熵效应,怎么体现在力场里?
多google一些疏水作用的介绍自然就 ...

好的,谢谢老师
生活需要勇气,一定要坚持下去!

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发表于 Post on 2019-11-29 08:36:01 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2019-11-28 15:49
老师,请问疏水作用为什么不体现在力场参数里呢?看力场文件的确是疏水珠子与疏水珠子之间不吸引也不排斥 ...

这本来就不是一种弱相互作用,疏水作用是熵效应,怎么体现在力场里?
多google一些疏水作用的介绍自然就会明白了
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发表于 Post on 2019-11-28 15:49:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-13 22:03
亲水作用本质靠的是静电相互作用与水结合,考原子电荷体现
疏水作用本质上是熵效应,体现在动力学模拟中 ...

老师,请问疏水作用为什么不体现在力场参数里呢?看力场文件的确是疏水珠子与疏水珠子之间不吸引也不排斥。
生活需要勇气,一定要坚持下去!

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发表于 Post on 2019-11-16 13:00:10 | 只看该作者 Only view this author
zc_charles_li 发表于 2019-11-15 20:20
老师,如果在计算过程中非键作用使用cutoff=0.12计算,静电作用使用PME方法计算,想要统计模拟过程中几个 ...


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发表于 Post on 2019-11-15 20:20:04 | 只看该作者 Only view this author

老师,如果在计算过程中非键作用使用cutoff=0.12计算,静电作用使用PME方法计算,想要统计模拟过程中几个组之间的非键作用和静电作用,是将mdp文件设置为非键作用cutoff=0,静电作用cutoff=0,然后rerun吗?

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zc_charles_li 发表于 2019-11-14 20:56
老师,采用energy_grps定义组,然后从edr文件中提取的好像都是短程相互作用,没有长程相互作用的。请问那 ...


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sobereva 发表于 2019-11-13 22:04
定义energy_grps,之后gmx energy从edr提取组间非键作用
cutoff设多少这个说法不明确。诸如范德华作用随 ...

老师,采用energy_grps定义组,然后从edr文件中提取的好像都是短程相互作用,没有长程相互作用的。请问那一部分的值要怎么确定?我想看模拟过程中两个组之间的电荷相互作用情况,结果都是“Coul-SR:A-B”这样子的,没有长程的部分。

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发表于 Post on 2019-11-13 22:04:30 | 只看该作者 Only view this author
zc_charles_li 发表于 2019-11-13 11:38
老师,请问有什么方法可以统计组间的长程相互作用吗?
以及cutoff设置多少,SR部分才足够用来衡量相互作 ...

定义energy_grps,之后gmx energy从edr提取组间非键作用
cutoff设多少这个说法不明确。诸如范德华作用随距离衰减快,1.4埃cutoff就够了。而静电作用衰减慢,应尽量设大
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发表于 Post on 2019-11-13 22:03:18 | 只看该作者 Only view this author
daydayup 发表于 2019-11-11 18:04
老师,请问分子动力学模拟中,分子之间的亲疏水相互作用用什么参数分析呢?L-J势能可以表示分子之间的疏 ...

亲水作用本质靠的是静电相互作用与水结合,考原子电荷体现
疏水作用本质上是熵效应,体现在动力学模拟中,不体现在力场参数里
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