npt计算出现错误，生产不了.gro文件

zhangyou · 发表于 Post on 2018-3-12 08:49:48

The X-size of the box (6.157484) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (8) times the smallest allowed cell size (0.770306)请问老师，NPT.out出现这样的错误，我已减少CPU数目，计算还是不行，减小盒子大小也不可行。想问问是不是模拟的体系原子数太少了吗？谢谢老师，有点急

林原 · 发表于 Post on 2020-6-29 20:00:31

zhangyou 发表于 2018-3-14 14:03
好的好的，蟹蟹老师，问题已经解决啦，老师您辛苦啦

你好，我也遇到了这个问题，请问你是怎么解决的？方便分享下吗？

王寓于 · 发表于 Post on 2020-4-22 14:02:41

LuckyLynn 发表于 2019-12-4 09:19
请问，这个问题您是怎么解决的？我也遇到了同样的问题。

你好，我也遇到类似的问题，nvt以后分子都聚在了中间，npt算到一定步数就停了，您是怎么解决的？

LuckyLynn · 发表于 Post on 2019-12-4 09:19:03

zhangyou 发表于 2018-3-14 14:03
好的好的，蟹蟹老师，问题已经解决啦，老师您辛苦啦

请问，这个问题您是怎么解决的？我也遇到了同样的问题。

zhangyou · 发表于 Post on 2018-3-14 14:03:55

好的好的，蟹蟹老师，问题已经解决啦，老师您辛苦啦

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-13 12:21:06

从你的描述上难以回复。没必要跑NVT，就跑NPT就完了
并不会因为盒子大而不能跑

zhangyou · 发表于 Post on 2018-3-13 10:03:42

我的体系是离子液体水溶液，利用水的密度计算了体系大小为7.72，后设置盒子为8，但是跑完NVT之后分子都聚集在了盒子中央，X轴几乎没有分子，。这样NPT试过好多次，都不行，若将盒子设置为9，NPT.OUT提示，盒子太大。设小了，也不行。核数之前减小到8NPT也不能跑。感觉问题出现在NVT，但不知道怎么解决，希望老师再知道一下，拜托啦。蟹蟹老师

zhangyou · 发表于 Post on 2018-3-13 10:00:19

sobereva 发表于 2018-3-12 21:17
要么把盒子设大，要么并行核数降低（不用非得小到1），否则没法跑

我的体系是离子液体水溶液，然后根据水的密度计算和盒子大小约为7.72nm。后设置盒子大小为8nm。跑完NVT之后，分子都聚集到盒子中央，然后X反向没有分子，感觉NPT还是不能跑，。这样的情况出线了好多次，改核数小到8，也不行。希望老师再指导一下，蟹蟹啦。提示错误不是说盒子大，就是说盒子小

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-12 21:17:39

zhangyou 发表于 2018-3-12 14:46
老师您好，如果说是用并行机算的呢，直接提交任务了

要么把盒子设大，要么并行核数降低（不用非得小到1），否则没法跑

zhangyou · 发表于 Post on 2018-3-12 14:46:32

sobereva 发表于 2018-3-12 11:57
mdrun加上-nt 1 -ntmpi 1再试

老师您好，如果说是用并行机算的呢，直接提交任务了

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-12 11:57:30

mdrun加上-nt 1 -ntmpi 1再试

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