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[Gaussian/gview] 金球表面含有多苯环的π-π作用和氢键的体系的建模问题

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sob老师好,这个一个分子印迹体系,想计算一下模板分子和基质是以何种形式相作用的,比如π-π堆积,氢键等。
因为之前只做过有机体系的,前两天上的基础班也没怎么讲过渡金属和周期性的方面,所以问题有很多。
金球表征过,是3.5-5纳米。金球表面,以金硫键连接着4-氨基苯硫酚,文献里说金硫键是这样连接的。

用高斯pm6d3预优化过,当然也没收敛。

模板分子是个多巴胺。
因为之前只做过有机体系的,前两天上的基础班也没怎么讲过渡金属和周期性的方面,所以问题有很多。
1,多巴胺分子四周大概都有4-氨基苯硫酚与之连接,所以该放多少4-氨基苯硫酚呢。
2,其实包括金硫键在内的金球都不是要描述的重点,但是另一方面,金球的存在使4-氨基苯硫酚在多巴胺周围有个密度的问题(如1),即多巴胺周围是否有可能接触到那么多的4-氨基苯硫酚。那么是否需要画出金球呢,还是忽略掉。
3,如果金球忽略掉,之前用b3lyp-D3/6-31+G**和lanl2dz基组算过,24核超级慢,也不收敛。之后考虑用ORCA算是否可行,老师说开了RI超级快的?
4,所以最重要的还是如何合理构建这个体系,以及用啥程序啥方法基组的问题啊摔。
5,啊咧,老师哪个培训班会好好讲讲ORCA,好感兴趣的说。
谢谢sob老师




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发表于 Post on 2018-4-21 07:48:50 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-20 12:12
老师 IGM填色图里红黄蓝绿都代表什么?

和RDG一样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 12:12:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 11:58
填色IGM或RDG图,一看颜色就足矣说明

老师 IGM填色图里红黄蓝绿都代表什么?

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发表于 Post on 2018-4-20 11:58:46 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-20 11:57
那表现色散作用可以放个啥图?

填色IGM或RDG图,一看颜色就足矣说明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 11:57:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 11:50
这种一看就不是静电吸引但又离得比较近的地方肯定是色散作用维持的

那表现色散作用可以放个啥图?

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发表于 Post on 2018-4-20 11:50:45 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-20 11:13
老师,我想用范德华表面的静电势图来说明J处的弱相互作用的原因,但是从k处看出,一个带比较强的正电,一 ...


这种一看就不是静电吸引但又离得比较近的地方肯定是色散作用维持的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 11:13:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-18 03:45
熟悉ps的话可以直接ps掉,不难
或者在VMD里恰当使用选择语句,通过几何关系只让感兴趣的点显示

老师,我想用范德华表面的静电势图来说明J处的弱相互作用的原因,但是从k处看出,一个带比较强的正电,一个很弱的正电都是红色的为什么会有相互穿透 呢。如果不是因为静电吸引,可能是色散力导致的?那么如何来说明呢,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-4-18 03:45:14 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-17 16:45
非常感谢老师的耐心解答,下面又有问题了。
做范德华表面穿透程度图的时候,可以屏蔽掉周围影响观察的点 ...

熟悉ps的话可以直接ps掉,不难
或者在VMD里恰当使用选择语句,通过几何关系只让感兴趣的点显示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-17 16:45:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-11 19:21
看你计算相互作用能的目的。理论研究相互作用能一般不优化片段,但要和实验现象对比需要优化。

ORCA没 ...

非常感谢老师的耐心解答,下面又有问题了。
做范德华表面穿透程度图的时候,可以屏蔽掉周围影响观察的点吗,比如做个盒子?怎么操作比较合适
谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-4-11 19:21:50 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-11 09:52
老师,算相互作用能的时候还需要单独优化片段的结构吗,以及ORCA有像高斯Counterpoise的方法吗?gCP可以 ...

看你计算相互作用能的目的。理论研究相互作用能一般不优化片段,但要和实验现象对比需要优化。

ORCA没有直接的counterpoise关键词,得自己通过鬼原子实现

gCP对能量的贡献会直接输出出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 09:52:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-4 23:23
VMD是在刚载入结构的时候根据判断的成键关系确定fragment是怎么划分的
如果是想选定某些原子区域,而 ...

老师,算相互作用能的时候还需要单独优化片段的结构吗,以及ORCA有像高斯Counterpoise的方法吗?gCP可以做BSSE矫正,但是输出相互作用能吗

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发表于 Post on 2018-4-4 23:23:54 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-4 19:15
我是做IGM嘛,载入vmd时候,金和硫是不连着的,手动给连上了,但是vmd还是不能判断是同一个分子片段。 后 ...


VMD是在刚载入结构的时候根据判断的成键关系确定fragment是怎么划分的
如果是想选定某些原子区域,而这些区域又不正好对应某个自动确定的fragment,就用诸如serial 3 6 10 to 20这样的语句按原子序号选择就可以了,不用利用fragment
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-4 19:15:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-4 17:48
还是不清楚你的情况...
再鼓捣鼓捣吧

我是做IGM嘛,载入vmd时候,金和硫是不连着的,手动给连上了,但是vmd还是不能判断是同一个分子片段。 后面做主客体分别设置显示模式(Representation)时候,用fragment N也设置不上,大概因为不是片段吧,所以问问老师,单个原子怎么设置,或者其他方法给连上?

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发表于 Post on 2018-4-4 17:48:46 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-4 14:13
抱歉,我没说清楚,我是在模仿老师这个图但是金原子不能使用fragment设置成主体的那个显示模式,其他片段 ...

还是不清楚你的情况...
再鼓捣鼓捣吧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-4 14:13:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-4 14:09
不是已经连上了?被设置指什么?

抱歉,我没说清楚,我是在模仿老师这个图但是金原子不能使用fragment设置成主体的那个显示模式,其他片段都可以,唯独剩下了金。

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