NewtonX2.X安装方法

ggdh

官网：http://www.newtonx.org/
功能：激发态动力学，Surface hopping，基于动力学系综的吸收和发射光谱模拟
安装步骤：
1. 下载：去官网简单的填个表，一会就把下载的链接发到你邮箱了，根据链接下载压缩包，本文中下载的包名是

1. nx-v2.2-b08-source+binaries.tgz

复制代码

2. 将压缩包拷贝到linux服务器上，然后在命令行中cd到压缩包的位置
3.解压，然后设置环境变量：将解压目录下的bin目录设为NX变量，然后再加入PATH变量（偷懒的话，复制下面的命令粘贴即可），至此安装完成。

1. dir=`pwd`/`tar -tf nx-v2*-*.tgz | head -n 1`bin
   
2. tar -zxf nx-v2*-*.tgz
   
3. echo "export NX=$dir" >> ~/.bashrc
   
4. echo "export PATH=$dir:\$PATH" >> ~/.bashrc
   
5. source ~/.bashrc

复制代码

4.测试，输入下面的命令：

1. inp-testnx.pl

复制代码

这里会列出一列可用的测试给你选择，选择需要测试的项目比如21，回车确定后输入

1. test-nx.pl > test.log

复制代码

过一会运行完毕后，看test.log中的内容大致如下：
    ... STARTING TESTS ...

Test(s) 21 will be performed.

---------------------------------------------------------------------------
Starting at Sun Apr 22 18:07:54 HKT 2018

    Program: GAUSSIAN-09
    Method: TDA
    Description: Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap

Copy directory /home/zc/NX-2-B19/bin/../test-nx/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Run in directory /home/zc/temp/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Running test ...
Test done
    NORMAL termination
Finished at Sun Apr 22 18:08:21 HKT 2018
---------------------------------------------------------------------------

    ... ALL TESTS DONE ...

    Normal termination of all tests.

    All tested files match the standard results.
表明测试成功。

注意事项，newtonx不需要编译，如果非要自己编译，安装下面的库

sudo yum install gsl-devel blas-devel lapack-devel gcc-gfortranls

然后编写解压目录下install目录下的installnx.pl文件，把FFLAGS中的-static去掉，然后运行./installnx.pl按引导操作即可。
或者安装静态库版本
sudo yum install libgfortran-static glibc-static blas-static lapack-static
以及去gsl官网下载源文件自行编译gsl静态库
此时不需要删除installnx.pl中的-static选项。直接运行该文件即可。

r1ck

archer 发表于 2020-9-20 16:19
您好！我测试29可以，其他与MD有关的都失败了。runnx.error:
sh: /home/user05/softwares/newton-x/bin/wr ...

你好，我也遇到了这个报错“write_pair: No such file or directory”。请问怎么解决的？

cabbage

小范范1989 发表于 2018-6-7 18:14
钟老师好，我是这样安装的：
1：下载了软件，然后解压。tar zxvf nx-v2.0-b19-source+binaries.tgz
2: c ...

您好，我在安装软件过程中制定环境变量后，输入测试inp-testnx.pl，出现command not found，这是什么问题呢？

融雨青

融雨青 发表于 2022-12-16 19:22
NEWTON-X-2.4 中Gaussian默认版本是g16，而不是文档中的g09

关于gXXroot设置的补充说明
根据文档中NX调用g09的命令

1. $gXXroot/gXX/bsd/gXX.profile;$gXXroot/gXX/gXX gaussian.com

复制代码

可知，gXXroot的设置应该参考g09和g09.profile的位置，并根据上面的命令反推。
例如，如果g09位置在

1. /home/g09/g09

复制代码

g09.profile位置在

1. /home/g09/bsd/g09.profile

复制代码

则g09root应该设置为

1. export g09root=/home

复制代码

融雨青

NEWTON-X-2.4 中Gaussian默认版本是g16，而不是文档中的g09

fy_111

ggdh 发表于 2022-6-29 17:28
全部改为0 1 试试我的genHOD脚本(已发布在论坛)

好的，谢谢老师！

ggdh

fy_111 发表于 2022-6-22 13:51
老师您好，我根据之前 J. Phys. Chem. C 2019, 123, 10081−10086这篇文章的步骤计算TDM，在输出gjf文 ...

全部改为0 1 试试我的genHOD脚本(已发布在论坛)

fy_111

老师您好，我根据之前 J. Phys. Chem. C 2019, 123, 10081−10086这篇文章的步骤计算TDM，在输出gjf文件后，有的构型被判断为0 5，甚至0 13，这时候进行下一步垂直激发计算的时候是保持这个多重度还是全部改为0 1呢？或者是剔掉这些构型呢？谢谢老师。

fy_111

小范范1989 发表于 2022-6-22 11:00
我们组后来一个博士生解决了，我没具体再去鼓捣安装的问题。我让我们组的博士生给您回复一下。

谢谢老师！

小范范1989

fy_111 发表于 2022-6-19 23:29
你好，我想请问一下Newton-x安装的这个问题最后是怎么解决的呢，我也遇到了这个问题。谢谢！

抱歉哈，之前说错了，后续就是按照他那个手册里面这个安装的来，没啥问题了。我记得后面解决了。具体的，等我后面仔细看看再说吧，有点忘记了，抱歉。

fy_111

小范范1989 发表于 2018-7-30 16:00
谢谢钟老师。
也就是安装这个NX软件的话，除了配置她自己的环境变量以外，还需要在配置高斯的环境变量吗 ...

你好，我想请问一下Newton-x安装的这个问题最后是怎么解决的呢，我也遇到了这个问题。谢谢！

王寓于

老师您好，我按照这篇帖子里安装的NX2.2版，在执行inp-testnx.pl测试时选择22-29测试，test.log显示6个正常2个错误，提示说可能安装有问题，gaussian是按手册正常装的，请问还可能有什么原因造成安装问题？

王寓于

ggdh 发表于 2021-6-6 21:07
应该不需要单独安装

谢谢老师

ggdh

王寓于 发表于 2021-6-5 13:19
老师您好，手册9.1节在设置完环境变量以后不是还需要安装CIOVERLAP-OD 吗？是因为您的http://bbs.keinsci.c ...

应该不需要单独安装