结合拓扑分析画电子密度图相关问题

不懂计算 · 发表于 Post on 2018-4-30 21:38:20

sob老师好，我想做出图1的样式，看过手册3.5.5节，但是实际做出的图却是图2的样子，键径是连接两个原子核了，想把图2中绿色XX的部分去掉，请问要如何进行修改呢？谢谢各位大神

不懂计算 · 发表于 Post on 2018-5-2 19:57:54

sobereva 发表于 2018-5-2 14:30
此时不提供内核的电子密度，所以肯定会变形

好的，我还是按照自己做的那个图吧谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-2 14:30:38

不懂计算发表于 2018-5-2 11:13
sob老师，把settings.ini文件里修改readEDF= 0，isupplyEDF= 0后，U周围的等值线变形了，与原来的不一样 ...

此时不提供内核的电子密度，所以肯定会变形

不懂计算 · 发表于 Post on 2018-5-2 11:13:14

sobereva 发表于 2018-5-1 22:25
1 就是按我说的修改settings.ini
2 就是下限和上限，诸如2,5就删除2,3,4,5

sob老师，把settings.ini文件里修改readEDF= 0，isupplyEDF= 0后，U周围的等值线变形了，与原来的不一样，这是什么原因呢？U使用的是Stuttgart RLC ECP基组，其他元素是6-311G(d,p)

不懂计算 · 发表于 Post on 2018-5-1 23:12:06

sobereva 发表于 2018-5-1 22:25
1 就是按我说的修改settings.ini
2 就是下限和上限，诸如2,5就删除2,3,4,5

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-1 22:25:33

不懂计算发表于 2018-5-1 22:01
谢谢sob老师答复，今天尝试了一下还是有以下问题，用的是fchk文件。
1.我在计算U时也使用了赝势基组，同时 ...

1 就是按我说的修改settings.ini
2 就是下限和上限，诸如2,5就删除2,3,4,5

不懂计算 · 发表于 Post on 2018-5-1 22:01:14

谢谢sob老师答复，今天尝试了一下还是有以下问题，用的是fchk文件。
1.我在计算U时也使用了赝势基组，同时不考虑内核电子的话，想要做图1的效果，要在WFN里如何做设定呀？
2.根据上图wfn做出的结果，应该要删除的键径序号是7,14,17,24,26。然后在拓扑分析界面里，选了-5 3之后要输入一个范围，这个应该要输什么呀？

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-30 22:21:55

键径本来就应该连接两个原子核，你的图比1.jpg更好。1.jpg是由于用了赝势，又没考虑内核电子，才导致键径没连到原子核。

如果就是非要不想让键径连到U上，一种做法是不让Multiwfn读取EDF信息，即settings.ini里的isupplyEDF设为0（如果是wfx文件，readEDF应同时设为0）。另一种做法是在拓扑分析界面里，选-5 Modify or print detail or export paths, or calculate property along a path，然后用里面的删除键径功能把指定的键径删掉。

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