径向分布函数求解配位数？

Aristotler · 发表于 Post on 2018-5-14 22:31:34

各位老师，同学，想向大家求教一个问题：我想通过径向分布函数求解配位数，目前看到两种计算方法：第一种是利用图1的方法，那么如何求解这个积分函数呢.r^2需要积分吗？（数学渣渣）以上公式单位如何转换？

第二种是如下：

哪种是对的呢？第一种是怎么积分呢？感谢大家

顺利毕业发paper · 发表于 Post on 2021-5-28 09:05:00

Edward 发表于 2020-10-26 19:44
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

应该是球的体积，因为r^2是在积分里边的，所以体积是个变量

Edward · 发表于 Post on 2020-10-26 19:44:34

楼主你好请问利用N/V计算密度的话 V是指构建晶体体积还是rdf中以r值为半径的球的体积谢谢

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-10 08:31:02

sobereva 发表于 2020-1-10 01:52
是
密度显而易见

谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-10 01:52:54

星空DMU 发表于 2020-1-9 08:31
感谢sob老师，那被计算的组在盒子中的密度是用被计算的组的个数除以体系的体积吗，密度单位是什么啊。

是
密度显而易见

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-9 08:31:44

sobereva 发表于 2020-1-8 21:24
是
参考组是-ref，被算的组是-sel

感谢sob老师，那被计算的组在盒子中的密度是用被计算的组的个数除以体系的体积吗，密度单位是什么啊。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-8 21:24:41

星空DMU 发表于 2020-1-7 21:23
我看书上写的是系统密度。您说的对RDF积分，origin里面结果是面积值；谁是参考组，谁是被计算的组意思是 ...

是
参考组是-ref，被算的组是-sel

那应当叫“体系的密度”而不是“系统的密度”，那本书质量很差，大部分都是抄来的。
rho对应的是被计算的组在盒子中的密度

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-7 21:23:23

sobereva 发表于 2020-1-7 19:55
还是对rdf积分得到
差异在于算rdf的时候谁是参考组是谁被计算的组

我看书上写的是系统密度。您说的对RDF积分，origin里面结果是面积值；谁是参考组，谁是被计算的组意思是以谁为中心原子，谁是外层分布原子吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-7 19:55:08

星空DMU 发表于 2020-1-7 19:42
谢谢sob老师，还有一个问题想向您请教，我计算A原子和B原子之间的配位数，那数密度怎么算？是A和B之间的 ...

还是对rdf积分得到
差异在于算rdf的时候谁是参考组是谁被计算的组

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-7 19:42:28

sobereva 发表于 2020-1-7 18:39
你设定列的表达式，设成g(r)那一列的数据与相应的r那一列数据平方的乘积，就成了被积函数

谢谢sob老师，还有一个问题想向您请教，我计算A原子和B原子之间的配位数，那数密度怎么算？是A和B之间的相对密度还是A和B单独的体系密度。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-7 18:39:18

星空DMU 发表于 2020-1-7 17:31
请问sob老师，怎么转化成被积函数。

你设定列的表达式，设成g(r)那一列的数据与相应的r那一列数据平方的乘积，就成了被积函数

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-7 17:31:01

sobereva 发表于 2018-5-17 09:23
你在origin里增加一列，把g(r)乘上r^2转化成被积函数之后再用origin积分，然后再乘上前面的系数即可

请问sob老师，怎么转化成被积函数。

Aristotler · 发表于 Post on 2019-12-21 09:56:51

highlight 发表于 2019-7-5 09:01
有个问题啊，你既然用的是vmd，为啥要自己算积分呢？
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/gof ...

计算质心间的配位数VMD实现不了

Aristotler · 发表于 Post on 2019-12-19 21:33:46

wbn 发表于 2018-5-15 04:26
...你说的第二种方法用的也是第一种的公式...

我以前写过一个f90 code通过gmx的rdf输出算coordination n ...

open(10,file=rdffile,status='old') 请问这个是什么呢？我运行了一下报错

Aristotler · 发表于 Post on 2019-12-19 20:47:11

wbn 发表于 2018-5-15 04:26
...你说的第二种方法用的也是第一种的公式...

我以前写过一个f90 code通过gmx的rdf输出算coordination n ...

想问您一下 peakhead, peaktail, total, boxlength, nip对应的是什么意思呢？

Aristotler · 发表于 Post on 2019-7-5 15:00:21

highlight 发表于 2019-7-5 11:52
没多复杂吧，你按照 http://bbs.keinsci.com/thread-7508-1-1.html 10楼的方法做，输出就会多一列数值积 ...

好的，明白了，非常感谢你

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VASP] 径向分布函数求解配位数？