用gromacs程序计算出现的错误提示

小菜鸟 · 发表于 Post on 2018-5-21 17:23:54

老师，请问用gromacs程序计算羧基咪唑的的分子模拟出现这个错误一般是什么原因，该怎么处理？
Error in user input:
Invalid input values
In option s
Required option was not provided, and the default file 'topol' does not
exist or is not accessible.
The following extensions were tried to complete the file name:
.tpr

beyond · 发表于 Post on 2018-5-21 18:44:45

gromacs已经给出了提示了，你没有正确地给出tpr文件

小菜鸟 · 发表于 Post on 2018-5-22 21:57:48

beyond 发表于 2018-5-21 18:44
gromacs已经给出了提示了，你没有正确地给出tpr文件

gmx_mpi grompp -f em.mdp -c ionicbox_GMX.gro -p ionicbox_GMX.top -o em.tpr
gmx_mpi mdrun -v -deffnm em -ntomp 16
这是我的交作业脚本，您看一下错的具体原因在哪，该怎么解决呢

xpyp · 发表于 Post on 2018-5-22 22:43:52

网上这么多的教程，写的很详细，你为什么不把最基础的先过一遍呢？　

小菜鸟 · 发表于 Post on 2018-5-23 08:00:24

好的，谢谢提醒

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-23 13:20:48

你没用-s指定.tpr文件名，于是程序自动尝试用topol.tpr作为文件名，但是当前目录下又不存在topol.tpr所以报错。注意理解屏幕提示

Athena · 发表于 Post on 2023-7-14 21:58:40

您好，请问这个您最后是怎么解决的呀？（菜鸟一枚求指教）

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[GROMACS] 用gromacs程序计算出现的错误提示

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