团簇分析思路求助

鱼叉君

如图所示，棕色的是铜离子，绿色的是氯离子，我想分析铜离子、氯离子形成的团簇结果，设想的统计结果类似为：在这一帧中，Cu3Cl7有x个、Cu2Cl4有y个等等。

目前的思路是设置Cu-Cu的cutoff1（比如4埃），如果Cu1-Cu2距离、Cu2-Cu3距离均在4埃之内，则统计为一个簇A，对于簇中Cl离子的考虑，对每个Cl计算与之距离最近的Cu离子，如果改距离在cutoff内（比如2.6埃），则将该Cl离子归为该Cu离子，这样簇A的离子统计就是Cu1、2、3以及相连的Cl离子。

不知道大家对于这样的团簇分析有什么建议或者有什么程序推荐吗？

sobereva

就定义一个Cu-Cu成键距离阈值，以及Cu-Cl成键距离阈值，只要有哪些原子能被这个规则连到一起，就作为一个簇。
用VMD的tcl写也行，自己写C/Fortran代码读取gmx的轨迹也行

sun666

你好 您是分别加入的Cu2+与CL-吗。会自发的形成不同的物种这样吗。