问题：如何通过Gaussian09的admp关键词得到径向分布函数

刘小英雄steven · 发表于 Post on 2018-9-7 08:46:58

我阅读了一篇利用高斯做ADMP，并且利用径向分布函数验证常温下（300K），基底（FeG）对污染物（CO,SO2等）吸附的稳定性。我的问题是：1）在gaussian09中如何编辑输入文件呢？我在输入文件中加上了admp 和 temperature=300,计算结束后应该如何处理得到文献类似中的结果与图形呢？是用multiwfn吗？2）径向分布函数能否用在验证一些催化剂的活性位点的不易迁移的证明上，比如第二张图片中的Fe原子，利用催化剂基地上的C原子和fe的径向分布说明Fe的不易迁移？还请各位大神解惑，谢谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-8 03:41:37

先确保能跑出来能反映问题的轨迹，原文中应当对初始条件有所说明。temperature关键词设的不是AIMD过程的温度，怎么设模拟过程的温度在本论坛里以前我提过，通过IOp实现，用首页google框搜索可找到

轨迹跑出来之后，可以自写程序统计，不是难事。也可以把轨迹转化为VMD可以认的pdb格式的轨迹，见
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126
然后用VMD的extensions-analysis里面的rdf计算插件获得rdf曲线

可能能用来说明不易迁移，但应当有明显更好的方式，比如把Fe的移动轨迹绘制成折线来显示在结构图上，更直观

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