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[ORCA] ORCA的mpi选择问题

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本帖最后由 中二晚期 于 2019-1-4 12:14 编辑

想请教一下大家,当我使用脚本交作业的时候,我把openmpi与ORCA的环境变量都写进了脚本,作业能正常运行。但是集群上编译了多个openmpi版本,那么在跑的ORCA任务使用的openmpi是我写进脚本里的openmpi吗?还是使用的其它版本的mpi?另外,在ORCA4.1版本刚放出来的时候下的安装包是不是有bug,那段时间有的4.1版本的安装包又被撤下了。


输出文件的开头如下,所以有些困惑
Jobexecution start: Fri Jan  4 10:15:32 CST2019
Sharedlibrary path: /mnt/data//prog/ORCA/openmpi2.1.5/lib:/home/intel2015//impi/5.0.1.035/intel64/lib:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/compiler/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/mpirt/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/ipp/../compiler/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/ipp/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/compiler/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/mkl/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/tbb/lib/intel64/gcc4.4:/public/software/gnu/amber18-openmpi/lib:/public/software/gnu/amber18-serial/lib:/public/software/gnu/Python-2.7.15/lib:/public/software/gnu/zlib-1.2.11/lib:/public/software/gnu/bzip2-1.0.6/lib:/public/software/gnu/openmpi-1.6.5/lib:/public/software/gnu/blcr-0.8.5/lib:/public/software/gnu/hwloc-1.8.1/lib:/mnt/data/prog/ORCA/openmpi-3.1.3/lib:/home/prog/g16/g16/bsd:/home/prog/g16/g16:/public/software/gnu/Python-3.6.6/lib::/opt/python/lib:/home/prog/g16/gv/lib:/mnt/data/prog/ORCA/orca_4_1_0_linux_x86-64_shared_openmpi313
PBSJob ID is: 3528.rmdx-cluster.edu.com.cn


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发表于 Post on 2019-1-4 12:06:47 | 只看该作者 Only view this author
不知道我理解的对不对,ORCA的并行好像是这样的:http://sobereva.com/214

“在输入文件里写成%pal nprocs x end,x是调用的核数,无上限”

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-4 12:17:18 | 只看该作者 Only view this author
沙漠猎人 发表于 2019-1-4 12:06
不知道我理解的对不对,ORCA的并行好像是这样的:http://sobereva.com/214

“在输入文件里写成%pal npro ...

不是并行的问题,可以并行。可不知道用的是不是我写在脚本里的mpi版本

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发表于 Post on 2019-1-4 12:41:07 | 只看该作者 Only view this author
which mpirun,看显示的是哪个路径下的
最初的ORCA 4.1包没有问题,我这里按我博文方式安装,并行没问题。只不过后来又补充上了openmpi 2.1.5的ORCA包(大抵是某些用户反映在3.1.3下并行有问题所致)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-4 13:38:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 中二晚期 于 2019-1-4 13:40 编辑
sobereva 发表于 2019-1-4 12:41
which mpirun,看显示的是哪个路径下的
最初的ORCA 4.1包没有问题,我这里按我博文方式安装,并行没问题。 ...

社长,which mpirun 指向的不是我新装的mpi版本,但我交作业脚本里写的是新装的mpi的环境变量,作业能正常的跑。还是不知道到底用的是那个mpi

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发表于 Post on 2019-1-4 15:44:20 | 只看该作者 Only view this author
可以这样,把pbs脚本里的环境变量单独复制出来在命令行下运行一次,再which mpirun,如果显示的是你新安装的,那程序运行时就是用的你新安装的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-4 16:38:14 | 只看该作者 Only view this author
Hongshu 发表于 2019-1-4 15:44
可以这样,把pbs脚本里的环境变量单独复制出来在命令行下运行一次,再which mpirun,如果显示的是你新安装 ...

可以的

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发表于 Post on 2019-1-4 17:06:43 | 只看该作者 Only view this author
如果集群软件越来越多,运行环境也多种多样,可以考虑使用module。

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