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[GROMACS] 如何解决Domain decomposition does not work with nstlist=0呢?

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本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-29 21:40 编辑

sob老师好,大家好,
为一个聚合物链运行一个真空下的MD或者EM,出现:
Domain decomposition does not work with nstlist=0
想请教大家如何解决?多谢!


em.mdp

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发表于 Post on 2019-3-21 16:58:20 | 只看该作者 Only view this author
提示说的很明白啊,修改mdp文件中的nstlist, 使之>0

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-22 02:35:55 | 只看该作者 Only view this author
beyond 发表于 2019-3-21 02:58
提示说的很明白啊,修改mdp文件中的nstlist, 使之>0

谢谢。请问不可以等于0吗?为什么呢?
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发表于 Post on 2019-3-23 01:05:51 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-3-22 02:35
谢谢。请问不可以等于0吗?为什么呢?

那你为什么要设为0呢

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发表于 Post on 2019-3-23 03:50:35 | 只看该作者 Only view this author
你的这个链本身是有限长度的,还是无限长度的跨越盒子那种?如果是前者,em.gro里就不应该有盒子信息,而且看着是PBC形式记录的轨迹。

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yihanxu + 5 谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-3-23 03:51:51 | 只看该作者 Only view this author
beyond 发表于 2019-3-23 01:05
那你为什么要设为0呢

0对应The neighbor list is only constructed once and never updated. This is mainly useful for vacuum simulations in which all particles see each other

真空下模拟,考虑无穷远范围的相互作用,邻居列表只需要这样要求一开始构建一次就够了。对于有限长度的不用pbc的真空下模拟的情况,这样是合适的。

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发表于 Post on 2019-3-23 04:07:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-23 03:51
0对应The neighbor list is only constructed once and never updated. This is mainly useful for vacuu ...

原来如此,没做过真空模拟,对于这点倒是没了解
受教了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-23 08:56:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,请问rlist和buffer距离是一个概念吧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-23 09:04:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-22 13:50
你的这个链本身是有限长度的,还是无限长度的跨越盒子那种?如果是前者,em.gro里就不应该有盒子信息,而且 ...

是有限长度的。谢谢老师,我再仔细检查检查。构建邻居列表时用的group方式,这方式基于电荷组,但是GAFF力场的每个原子自己是一个电荷组,需要手动把原子归到电荷组让每个电荷组的总电荷为零吗?
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发表于 Post on 2019-3-23 15:01:16 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-3-23 09:04
是有限长度的。谢谢老师,我再仔细检查检查。构建邻居列表时用的group方式,这方式基于电荷组,但是GAFF ...

不用管电荷组的问题,和当前问题无关

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发表于 Post on 2019-3-23 15:02:13 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-3-23 08:56
sob老师好,请问rlist和buffer距离是一个概念吧

不一码事
buffer距离是rlist与cutoff之差

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-24 10:34:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-23 01:02
不一码事
buffer距离是rlist与cutoff之差

谢谢老师!不然我就理解错了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-30 11:42:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-29 21:49 编辑
sobereva 发表于 2019-3-23 01:02
不一码事
buffer距离是rlist与cutoff之差

您讲的金原子撞击金板例子中rlist和cutoff都设为1.2,buffer就是零了,就是说邻居列表范围和cutoff范围是一样的吗?
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发表于 Post on 2019-3-30 12:26:15 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-3-30 11:42
您讲的金原子撞击金板例子中rlist和cutoff都设为1.2,buffer就是零了,就是说邻居列表范围和cutoff范围是 ...

对于不同gmx版本,rlist的实际意义不同
目前的gmx默认用cutoff-scheme=verlet,此时根本不需要设rlist,程序总会自动调合适
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-31 08:22:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-29 22:26
对于不同gmx版本,rlist的实际意义不同
目前的gmx默认用cutoff-scheme=verlet,此时根本不需要设rlist, ...

谢谢老师。如果是gmx2018.4且设置如下,buffer距离是0吗?
pbc = xyz
rlist = 1.2
nstlist = 1
cutoff-scheme = group
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 1.2
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.2
DispCorr      = no
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