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[Gaussian/gview] 请问高斯和Gview中的坐标是如何定义的,二者坐标朝向是一致的吗?

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老师您好,高斯中的坐标是如何定义的呢?和Gview中又是如何定义的呢?二者方式是一致的吗?谢谢老师

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发表于 Post on 2019-4-20 23:49:54 | 只看该作者 Only view this author
“如何定义”这个问题不够确切
输入文件里无非就是笛卡尔坐标和内坐标(也可以混写)

你在gview里看到分子的笛卡尔坐标是什么,保存出来的输入文件里的笛卡尔坐标也将是什么,Gaussian计算时用的笛卡尔坐标也就是什么(某些情况之后还会被自动摆到标准朝向)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-21 09:13:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-20 23:49
“如何定义”这个问题不够确切
输入文件里无非就是笛卡尔坐标和内坐标(也可以混写)

首先感谢老师,不好意思老师,因为知识储备太少,所以总是不能准确描述,我想说的时定义坐标原点,XYZ轴的时候,是不是以分子的质心为坐标原点,然后以什么量的方向为XYZ轴,

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发表于 Post on 2019-4-21 10:09:53 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
cqu_xiaoq 发表于 2019-4-21 09:13
首先感谢老师,不好意思老师,因为知识储备太少,所以总是不能准确描述,我想说的时定义坐标原点,XYZ轴 ...

高斯中的Standard orientation 应该是以质心为原点,xyz轴取三个主轴方向(是纯几何主轴还是转动惯量主轴我不太确定)。一般z轴取最高对称轴的方向,但对于无对称性的分子,究竟哪个轴是z轴或x轴,我就不知道了。 GV中有reorientate 功能,但生成的取向是否与高斯一致没做过测试。如果不想让高斯自动改变取向,可以加NOSYMM关键词

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-21 20:19:51 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2019-4-21 10:09
高斯中的Standard orientation 应该是以质心为原点,xyz轴取三个主轴方向(是纯几何主轴还是转动惯量主轴 ...

感谢,

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发表于 Post on 2019-4-22 01:01:52 | 只看该作者 Only view this author
cqu_xiaoq 发表于 2019-4-21 09:13
首先感谢老师,不好意思老师,因为知识储备太少,所以总是不能准确描述,我想说的时定义坐标原点,XYZ轴 ...

自动摆的标准朝向下是把体系核电荷中心(并非是楼上说的质心)当做原点,此时核电荷对偶极矩贡献恰为0。
标准朝向的定义手册里有详细说明,手册里搜standard orientation
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-22 15:15:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-22 01:01
自动摆的标准朝向下是把体系核电荷中心(并非是楼上说的质心)当做原点,此时核电荷对偶极矩贡献恰为0。
...

老师,手册里确实没有这个定义(共有三处出现了标准朝向),都是说gaussian会自动把分子调到标准朝向。我用的是3.5版本的手册。如果有我没找到还望老师见谅。

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发表于 Post on 2019-4-23 01:40:09 | 只看该作者 Only view this author
cqu_xiaoq 发表于 2019-4-22 15:15
老师,手册里确实没有这个定义(共有三处出现了标准朝向),都是说gaussian会自动把分子调到标准朝向。我用 ...

Gaussian手册哪有3.5版?我没说Multiwfn的手册
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sobereva 发表于 2019-4-23 01:40
Gaussian手册哪有3.5版?我没说Multiwfn的手册

不好意思老师,我理解成Multiwfn的手册了。

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发表于 Post on 2022-12-14 17:44:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-22 01:01
自动摆的标准朝向下是把体系核电荷中心(并非是楼上说的质心)当做原点,此时核电荷对偶极矩贡献恰为0。
...

想问下老师,一个分子不是有很多个核电荷吗,原点我的理解是一个点对吗?想到这个我就想到优化不是体系能量对坐标求导吗,但是一个分子不是有很多个坐标吗?那么能量怎么同时对体系的多个原子坐标求导?

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Smes 发表于 2022-12-14 17:44
想问下老师,一个分子不是有很多个核电荷吗,原点我的理解是一个点对吗?想到这个我就想到优化不是体系能 ...

对于计算各个原子受力,不是同时求导,而是对各个原子核坐标分别求导
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