计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7391|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 求助multiwfn如何进行.grd文件的作差

[复制链接 Copy URL]

73

帖子

0

威望

606

eV
积分
679

Level 4 (黑子)

想用DMOL3计算差分电荷密度,之前看老师的帖子说可以在Multiwfn软件中使两个片段的电子密度作差来实现,但是Multiwfn可以导入grd文件,但是我输入的时候,显示只支持cub,不知道是怎么回事呢?刚接触这个软件,期待老师的解答,谢谢!!!

83C~J$EPYQ4FS7{~%[ZPF)P.png (41.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

83C~J$EPYQ4FS7{~%[ZPF)P.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-4-26 12:35:39 | 只看该作者 Only view this author
cub文件和cubic格点完全是两码事
目前Multiwfn只支持矩形格点,换句话说,计算时候用的晶胞必须是矩形的。以后也会支持非矩形格子

后记:如今的Multiwfn已经支持非正交格子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

606

eV
积分
679

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-26 15:53:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-26 12:35
cub文件和cubic格点完全是两码事
目前Multiwfn只支持矩形格点,换句话说,计算时候用的晶胞必须是矩形的。 ...

明白了,谢谢sob老师的解答

73

帖子

0

威望

606

eV
积分
679

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-26 16:45:06 | 只看该作者 Only view this author
那如果是.grd的电子密度的文件作差的话可以用什么软件呢,看到有人说可以用Orign或者自己写小程序,但是由于刚接触这方面的知识,可以详细讲讲怎么操作吗?万分感激

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2019-4-27 01:26:27 | 只看该作者 Only view this author
華華 发表于 2019-4-26 16:45
那如果是.grd的电子密度的文件作差的话可以用什么软件呢,看到有人说可以用Orign或者自己写小程序,但是由 ...

实际上,让Multiwfn支持非正交格子很简单,但是即便支持了,也不支持输出grd文件。

用文本编辑器打开此文件,从第6列开始都是格点数据,复制出来,通过origin或excel对两个文件这部分求差,再粘贴回去即可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

606

eV
积分
679

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-28 12:50:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-27 01:26
实际上,让Multiwfn支持非正交格子很简单,但是即便支持了,也不支持输出grd文件。

用文本编辑器打开 ...

谢谢sob老师的解答了

1

帖子

0

威望

77

eV
积分
78

Level 2 能力者

7#
发表于 Post on 2022-3-2 15:42:35 | 只看该作者 Only view this author
老师,我为什么从origin导出的数据用不了,analysis-total density 后会提示无法提取grd文件,以及Corrupt data or unexpected end of file in grd file

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2022-3-12 06:51:24 | 只看该作者 Only view this author
天色将晚 发表于 2022-3-2 15:42
老师,我为什么从origin导出的数据用不了,analysis-total density 后会提示无法提取grd文件,以及Corrupt  ...

仔细看下文把问题交代清楚
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2022-3-12 06:53:00 | 只看该作者 Only view this author
華華 发表于 2019-4-26 16:45
那如果是.grd的电子密度的文件作差的话可以用什么软件呢,看到有人说可以用Orign或者自己写小程序,但是由 ...

对于目前Multiwfn最新版,用Multiwfn载入grd文件,再用主功能13的子功能0导出cub文件,对每个grd文件都这么操作弄成cub文件
之后效仿Multiwfn手册4.13.2节的例子,对cub文件作差即可。下文也有对cub文件求差的例子
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
http://sobereva.com/638http://bbs.keinsci.com/thread-28225-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 16:04 , Processed in 0.173211 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list