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[综合交流] 阴离子的水合能力计算问题

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我想要对比硫酸根、碳酸根以及偏硅酸根锁水能力的大小,即水合能力的大小,做分子动力学模拟,碳酸根和偏硅酸钠的参数目前没找到,如果从量化角度计算的话应该算什么

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发表于 Post on 2019-6-8 21:36:52 | 只看该作者 Only view this author
水合自由能。图省事用隐式溶剂模型,要严格就用显式+隐式溶剂模型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-9 10:26:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-8 21:36
水合自由能。图省事用隐式溶剂模型,要严格就用显式+隐式溶剂模型

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-6-10 19:20:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-8 21:36
水合自由能。图省事用隐式溶剂模型,要严格就用显式+隐式溶剂模型

"显式+隐式溶剂模型"意思是,在溶质周围放一圈显式溶剂,之外隐式?您这儿说的“隐式”,"显式+隐式溶剂模型"都是用量子化学算嘛?用MD我知道也能算,但其计算结果一般不会比量子化学高很多?

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发表于 Post on 2019-6-11 10:25:26 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2019-6-10 19:20
"显式+隐式溶剂模型"意思是,在溶质周围放一圈显式溶剂,之外隐式?您这儿说的“隐式”,"显式+隐式溶剂 ...


量化算这个比用MD准得多
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-11 11:11:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 苏玖染 于 2019-6-11 11:13 编辑
sobereva 发表于 2019-6-8 21:36
水合自由能。图省事用隐式溶剂模型,要严格就用显式+隐式溶剂模型

sob老师,如果是显示+隐式溶剂模型的话,是不是需要按博文《构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法》中说的那样做,水和自由能=显式水和离子在隐式溶剂下的单点能 — 显式水在隐式溶剂下的单电能—离子在隐式溶剂下的单电能?

优化的方法和基组可以用M062X-D3/def2-TZVPD
单点计算用M062X-D3/def2-QZVPPD
这样可以么?

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发表于 Post on 2019-6-11 12:54:02 | 只看该作者 Only view this author
苏玖染 发表于 2019-6-11 11:11
sob老师,如果是显示+隐式溶剂模型的话,是不是需要按博文《构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法》中说 ...

参考此文,算质子的溶解自由能
J. Phys. Chem. A, 105, 11534 (2001)



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