计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11440|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 真心求教:关于化学反应的几个概念问题~~~~~

[复制链接 Copy URL]

23

帖子

0

威望

291

eV
积分
314

Level 3 能力者

最近,搞反应路径,有几个问题都把我搞糊涂了,真心求教。假设反应: A+B———>C+D,如下图反应物体A,B(远离的)首先形成复合物A*B, 再形成过渡态TS,接着生成生成物复合物C*D, 最后C、D远离。

问题1:活化能Ea=[E(Ts)+ZPE]-[E(A*B)+ZPE] (1)还是 Ea=[E(TS)+ZPE]-[E(A)+ZPE]-[E(B)+ZPE](2); 根据《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods》的例子Example 8.3, pp 178, 以及 《量子化学计算方法与应用》中的表述,应该是后者。

问题2:求反应常数与自由能变化有关,若按照上面Eq.2的表述,结合KiSThelp软件,采用TST方法,那么就应该是选择Biomolecule, 分别输入A.out,B.out, Ts.out;若是按Eq.1,就是选择Monomolecule, 输入A*B.out 和 TS.out。

问题3:若是在水溶液中反应,且水分子对反应有催化作用,参与反应过程中质子的转移,故显式加入水分子。若按Eq.2思路,那么问题来了,反应常数最多就是Biomolecule,那么输入A.out, B.out, Ts.out,显然少了水的自由能,存在问题;若是按Eq.1的思路,选择deltaG=G(Ts)-G(complex)。

对于问题3若按Eq.2的思路,若用KisThelp则在计算deltaG自己加入相应的水的项。


问题4:通用是i7跑,为什么感觉Haswell构架的比 Sandy 快?是我的错觉吗?

绘图1.jpg (23.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

绘图1.jpg

689

帖子

2

威望

4106

eV
积分
4835

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2015-7-1 16:51:01 | 只看该作者 Only view this author
只知道第一个,(2)是对的,例子文献:PCCP,2010,12,3984-3997

23

帖子

0

威望

291

eV
积分
314

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-1 18:14:33 | 只看该作者 Only view this author
jiangning198511 发表于 2015-7-1 16:51
只知道第一个,(2)是对的,例子文献:PCCP,2010,12,3984-3997

谢谢拉~

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112544

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2015-7-1 18:47:33 | 只看该作者 Only view this author
1 两种用法都有。理论研究过渡态、反应机理的话,应该是后者,以反应复合物为参考点;但计算整个过程的反应速率常数,应该用前者,以无限远离的两个分子作为参考点。

2 应当以bimolecular考虑

4 同频情况下haswell快一点点,但不显著。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 19:41 , Processed in 0.358937 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list