求助！gromacs计算自由能问题

sjl

各位老师学生们好：
      我最近看了网上关于计算水中甲烷自由能的案例，有一点问题不明白，再次想请教一下大家，谢谢！

问题一：
      在这个例子中是体现了一个甲烷分子从有到无的一个过程，但是不知道是在mdp还是top中的哪个设置体现了这一点？为什么就不是从无到有的过程呢？

      另外，我是想做离子替换（钠离子替换成铵根离子）的自由能差值，我是想设置钠离子从有到无，然后铵根离子从无到有的一个过程。
问题二：
       mdp的设置是否可以参考水中甲烷的例子？
问题三：
       top的设置，我一开始的理解是这样的，在正常的top中，在钠离子的拓扑参数后加入铵根离子的拓扑参数。可是有一个问题就是，钠离子和铵根离子的原子数量不一致，是否需要将铵根离子粗粒化处理呢？