求助D3色散校正能的计算(dispersion correction energy)

八月的雨季 · 发表于 Post on 2019-8-8 01:55:27

近期在做DNA的模拟工作，想考察同一条链下，上下两个碱基之间的相互作用。很明显，这样的上下两个相邻的碱基之间是以π-π staking相互维系的。看了一篇PCCP上的文章，这种π-π堆积可以反映为色散能，也就是dispersion correction energy (D3）。之前也拜读过sob老师写过的B3LYP类泛函加入D3校正的文章，想请教一下计算上下相邻碱基之间相互作用的能量，是否只需要在高斯计算时加上D3色散校正，这样得到的结果能否称之为dispersion correction energy？能否正确反映两个碱基之间的堆积作用？谢谢各位老师解答！

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-8 04:48:39

用Multiwfn做基于力场的能量分解可以非常容易、快速地得到两个碱基对之间的色散作用能，比起用B3LYP下的DFT-D色散校正能来估计在原理上更严格，见：
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

由于你只需要计算色散作用部分，所以上文中计算原子电荷的步骤可以省略，把所有原子电荷都设为0即可。

八月的雨季 · 发表于 Post on 2019-8-8 22:23:18

sobereva 发表于 2019-8-8 04:48
用Multiwfn做基于力场的能量分解可以非常容易、快速地得到两个碱基对之间的色散作用能，比起用B3LYP下的DFT ...

按照sob老师您给的教程，计算了由两组配对碱基构成的核苷酸链中，上下形成堆积作用的核苷酸之间的色散能。如果将整个核苷酸作为一个片段，一共四个片段，计算得到的结果很离谱。当只用碱基平面作为片段时结果就小很多。请问老师，只将碱基平面作为片段，进而计算色散能来考察DNA中碱基堆积的情况可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-9 04:12:48

八月的雨季发表于 2019-8-8 22:23
按照sob老师您给的教程，计算了由两组配对碱基构成的核苷酸链中，上下形成堆积作用的核苷酸之间的色散能 ...

不能将核苷酸作为片段，否则两个片段间会有很近的距离，违背了文中说的“这些片段间至少要隔三个化学键”的要求，这是为什么得到的repulsion非常大。

就应当只把碱基部分当做片段

八月的雨季 · 发表于 Post on 2019-8-10 16:54:09

sobereva 发表于 2019-8-9 04:12
不能将核苷酸作为片段，否则两个片段间会有很近的距离，违背了文中说的“这些片段间至少要隔三个化学键” ...

非常感谢sob老师的帮助，感觉每篇文章必引Multiwfn!

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