关于轨迹分析作图

kunkun · 发表于 Post on 2015-7-11 19:54:34

我想请问一下大家，PCA分析后，rmsd vs gyrate 的这种图是怎么用xmgrace做出来的？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-11 20:05:08

计算出每一帧的Calpha-RMSD和回转半径，然后作成散点图就行了。能作散点图的工具有的是，也不一定非用xmgrace

这和PCA分析并无任何关系，作图的量都不牵扯到PC

kunkun · 发表于 Post on 2015-7-11 20:45:50

sobereva 发表于 2015-7-11 20:05
计算出每一帧的Calpha-RMSD和回转半径，然后作成散点图就行了。能作散点图的工具有的是，也不一定非用xmgra ...

sob老师，那我还想问问这个密度越高的地方，颜色的标记是怎么做出来的？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-11 21:09:41

估计有的程序在作散点图时能够自动根据散点密度设定散点的颜色，但一时半会儿我想不起来哪个程序有这个功能，可以搜搜。

有个土办法就是自己动手写个把散点转化成每个位置密度分布的程序，例如此文的做法
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73
然后作密度分布的填色图，再和散点图ps到一起去。

kunkun · 发表于 Post on 2015-7-11 23:07:04

sobereva 发表于 2015-7-11 21:09
估计有的程序在作散点图时能够自动根据散点密度设定散点的颜色，但一时半会儿我想不起来哪个程序有这个功能 ...

谢谢sob老师~我尝试下用ddtdp计算完概率后，用matlab三维作图，再换到2D的视角看看行不行~

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-12 01:23:10

kunkun 发表于 2015-7-11 23:07
谢谢sob老师~我尝试下用ddtdp计算完概率后，用matlab三维作图，再换到2D的视角看看行不行~

如果你对matlab熟可以这样。

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