umbrella sampling中关于取得样本后的模拟时长……

路过的一只 · 发表于 Post on 2019-10-18 17:25:45

本帖最后由路过的一只于 2019-10-27 15:32 编辑

求问，在经过SMD后，沿着反映坐标取得了50个窗口样本，之后每个样本需要进行产出模拟后才可以计算PMF。那这个产出模拟的时间怎么确定呢？根据体系大小还是什么……
我查的文献有蛋白酶与分子跑了10ns的，有蛋白与脂质跑了1.5μs的……
所以不是很清楚这个计算的方式，希望可以得到老师的回答……

路过的一只 · 发表于 Post on 2019-10-27 15:32:15

给自己顶一顶，拜托了

……

puzhongji · 发表于 Post on 2019-10-27 20:25:47

本帖最后由 puzhongji 于 2019-10-27 20:27 编辑

保证窗口交叉和结果收敛。

路过的一只 · 发表于 Post on 2019-10-28 10:56:13

puzhongji 发表于 2019-10-27 20:25
保证窗口交叉和结果收敛。

谢谢你的回复~那请问是否是我只能尝试不同时间，直到保证窗口交叉的合适时间出现？我的窗口样本生成的tpr文件运行时，预估的文件内存非常大运行也很慢，所以我在考虑是不是能尽可能减小模拟时间……

puzhongji · 发表于 Post on 2019-10-28 11:26:25

MD 可以续跑，跑一段不合适再加时间。

路过的一只 · 发表于 Post on 2019-10-28 14:37:23

本帖最后由路过的一只于 2019-10-30 09:40 编辑

puzhongji 发表于 2019-10-28 11:26
MD 可以续跑，跑一段不合适再加时间

谢谢回复/双手合掌……

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[GROMACS] umbrella sampling中关于取得样本后的模拟时长……

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