计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8410|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] [InCl6]3-配合物结构优化,考虑溶剂效应结构优化难收敛

[复制链接 Copy URL]

9

帖子

0

威望

219

eV
积分
228

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 Akira 于 2019-10-20 23:14 编辑

本人在做水溶液中铟离子的氯离子配合物频率计算,先进行结构优化,发现在加入SMD模型(IEFPCM也试过)时,默认的力收敛标准勉强达到,但是位移标准波动很大,难收敛。尝试了sob老师提到的种种方法,仍然难收敛。随后尝试在真空中计算,能收敛。溶剂效应是需要考虑的,所以想请教各位,这种情况该如何处理。

我的输入参数是:

#p opt=recalc=4 b3lyp/genecp freq scrf=SMD em=gd3bj

基组用的def2tzvp,Cl加弥散

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-10-21 00:24:04 | 只看该作者 Only view this author
上传使用下面关键词的输出文件
# opt(gdiis,maxstep=5,notrust,recalc=3) b3lyp/genecp freq scrf em=gd3bj

另外,如果体系有对称性,优化前一定先做对称化,以确保优化过程能利用点群对称性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

219

eV
积分
228

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 18:40:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Akira 于 2019-10-21 18:47 编辑

感谢sob老师,使用上述关键词,初始结构对称话后,tight标准下成功收敛。在此过程中我还有些疑问想请教老师:
1、在之前我也做了对称化,使用过gdiis+maxstep,gdiis+calcall,但没用过gdiis+maxstep+recalc,因为之前老师的博文说过在使用calcall是慎用maxstep,因为步长的限制影响精确hessian矩阵下判断的步长,该限制同样适用于recalc,但事实上这样用确实收敛了,收敛的关键在于gdiis+maxstep+recalc组合吗,maxstep在这一任务里起作用了吗(ps:gd3bj有虚频,换成gd3则没有)
2、同样的初始结构,使用gaussian默认的gediis,无法在tight标准下收敛,gdiis效果甚好,是因为这一结构的势能面平缓吗,还是有其他原因
3、同样的初始结构,从iefpcm切换到smd溶剂模型,同样可以收敛(tight),有虚频,试着调整结构对称性,+calcall,仍难以消除,是什么原因?如何在smd溶剂模型下消除虚频?

附上iefpcm和smd下的输出文件:

log.zip

137.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 14

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2019-10-21 22:44:19 | 只看该作者 Only view this author
Akira 发表于 2019-10-21 18:40
感谢sob老师,使用上述关键词,初始结构对称话后,tight标准下成功收敛。在此过程中我还有些疑问想请教老师 ...

1 实测发现光用recalc/calcall不管用的时候利用maxstep往往能起到帮助
2 这个结构势能面不算平缓,只是巧合
3 用SMD时容易因为一些数值层面的琐事导致虚频。所以不是算能量的时候,没必要刻意用SMD,还能因此避免这种麻烦
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

219

eV
积分
228

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-22 00:46:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Akira 于 2019-10-22 00:57 编辑
sobereva 发表于 2019-10-21 22:44
1 实测发现光用recalc/calcall不管用的时候利用maxstep往往能起到帮助
2 这个结构势能面不算平缓,只是 ...

那老师是不是因为在iefpcm和smd下优化的结构差异很小,所以可以在iefpcm下优化,然后在smd下计算能量?后续的其它任务是否都可以在iefpcm下得到的最优结构的基础上,在smd下计算呢?就像是老师的博文里说的,“对几何结构的影响基本上都是溶剂的极性部分所致,是否考虑非极性部分对结构优化和振动分析总是很小的。”另外,利用iefpcm优化时加上非极性部分是否更好呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2019-10-22 02:03:25 | 只看该作者 Only view this author
Akira 发表于 2019-10-22 00:46
那老师是不是因为在iefpcm和smd下优化的结构差异很小,所以可以在iefpcm下优化,然后在smd下计算能量?后 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

219

eV
积分
228

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-22 08:28:09 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师~

9

帖子

0

威望

219

eV
积分
228

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-23 21:56:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Akira 于 2019-10-23 22:00 编辑

还有个问题想请教下老师,我将氯离子配体换成水分子,优化[In(H2O)6]3+水合物时,同样是在上述的条件下做,能收敛,但存在9个虚频,尝试提高收敛限和积分格点精度无效,结构对称性高(Th对称性),沿虚频方向微调后,无对称性(C1),在calcall下优化,maximim displacement一直很大,能量确实比Th对称性下的低0.3eV,(In3+离子4d轨道满电子,不存在姜泰勒畸变,Th对称性构型也许合理)。是我的初始结构有问题,还是优化方法用的不对?(ps:不考虑溶剂效应,则无虚频,有相关文献计算了气相[In(H2O)6]3+为Th对称性)

4.log

339.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

[In(H2O)6]3+

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2019-10-24 07:12:58 | 只看该作者 Only view this author
Akira 发表于 2019-10-23 21:56
还有个问题想请教下老师,我将氯离子配体换成水分子,优化3+水合物时,同样是在上述的条件下做,能收敛, ...

从虚频模式一看就是初始的对称性太高了,不是配位方面的事,而是水的朝向的事
按照常规方式解决C1对称性下的虚频就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

219

eV
积分
228

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-2 21:02:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Akira 于 2019-11-3 09:20 编辑
sobereva 发表于 2019-10-24 07:12
从虚频模式一看就是初始的对称性太高了,不是配位方面的事,而是水的朝向的事
按照常规方式解决C1对称性 ...

谢谢老师指导~这些天利用老师的方法成功优化收敛~
想接着请教sob老师,现在我想考虑含两层水分子的构型(中心三价铟离子,外围两层水分子),最近学习并实践了老师提到的初始构型搜索方法,想问genmer+mopac+gaussian与gromacs+mopac+gaussian对于我这种带电离子水配位体系更合理?(即分子动力学v.s.系统式搜索,感觉分子动力学更合理些?)(ps. molclus真好使~)还有,我的理解是这个体系的配位键不属于弱相互作用?可以不考虑BSSE校正?(看到有文献在计算金属的水配合物时考虑了BSSE校正)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2019-11-3 07:57:02 | 只看该作者 Only view this author
Akira 发表于 2019-11-2 21:02
谢谢老师指导~这些天利用老师的方法成功优化收敛~
想接着请教sob老师,现在我想考虑含两层水分子的构型 ...

用genmer省事得多,或者你用xtb跑MD产生初始构型也行,用gmx的话弄力场费事

不需要考虑BSSE
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

219

eV
积分
228

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-3 09:16:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-3 07:57
用genmer省事得多,或者你用xtb跑MD产生初始构型也行,用gmx的话弄力场费事

不需要考虑BSSE

好~~

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 07:51 , Processed in 0.181499 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list