Gromacs比Amber快很多吗?

xpyp · 发表于 Post on 2015-7-25 22:18:00

如题.

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-26 07:35:50

快很多是肯定的（相对于amber的PMEMD，sander就更慢了），开GPU加速时也是如此
高效率是gmx的一个很鲜明的强项

xpyp · 发表于 Post on 2015-7-26 21:08:17

本帖最后由 xpyp 于 2015-7-26 21:16 编辑

可快到30%吗，若这样的话，我可以亲自用自己常算的体系测试下。(附:该体系用Amber14: Sander: 0.28ns/day
                                 PMEMD: 0.59ns/day
                                 pmemd.cuda (gtx970): 11.19ns/day
                                 pmemd.cuda_DPFP: 1.46ns/day
)

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-27 09:31:04

30%是有的

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[综合交流] Gromacs比Amber快很多吗?