计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8742|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 在做一个六元环的优化,可是优化完变成五元环?

[复制链接 Copy URL]

8

帖子

0

威望

63

eV
积分
71

Level 2 能力者

如题所示,问一下各位大佬怎么解决这个问题啊
这是优化的条件
CalculationType = FREQ
CalculationMethod = RB3LYP
BasisSet = 6-31G(d)
Charge= 0
Spin= Singlet

niout.jpg (117.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

gjf文件的六元环部分

gjf文件的六元环部分

ni.jpg (117.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

out文件变成了五元环

out文件变成了五元环

8

帖子

0

威望

63

eV
积分
71

Level 2 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-31 09:59:55 | 只看该作者 Only view this author
不好意思,图片放反了

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125140

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2019-10-31 16:16:47 | 只看该作者 Only view this author
superXiuTai 发表于 2019-10-31 09:59
不好意思,图片放反了

发现原帖有问题时直接编辑原帖,不要在回帖里说明。帖子标题不要联用三个问号,给你改了。

原先那个结构成键方式比较罕见,可能本来就不能稳定存在
如果有什么证据可以证明那个结构就是存在的,尝试其它计算级别,比如用M062X/6-311G* opt进行优化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

63

eV
积分
71

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-31 17:20:44 | 只看该作者 Only view this author
先谢谢老师了,然后这 个分子是已经发表在advanced materials的一篇文章中DOI: 10.1002/adma.201702354,然后他们也是做了 B3LYP/6-31G(d) density functional theory的opt,所以不知道为什么我画了一样的跑了两次的结果都是变成了五元环,我先试试您的方法优化一下

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125140

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2019-11-1 07:34:14 | 只看该作者 Only view this author
superXiuTai 发表于 2019-10-31 17:20
先谢谢老师了,然后这 个分子是已经发表在advanced materials的一篇文章中DOI: 10.1002/adma.201702354,然 ...

如果文章补充材料里直接给了结构,直接拿过来当初始结构用。没给的话可以找作者要,只要告诉对方给了你结构,以后发文章引他们的,一般会给。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

63

eV
积分
71

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 12:06:13 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师了

16

帖子

0

威望

1805

eV
积分
1821

Level 5 (御坂)

7#
发表于 Post on 2019-11-1 18:30:59 | 只看该作者 Only view this author
superXiuTai 发表于 2019-11-1 12:06
好的,谢谢老师了

你的那个结构不可能存在,你在好好看看文献是不是漏掉了氢原子。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 17:51 , Processed in 0.167723 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list