求问：如何使用gmx自带xpm2ps工具来作图分析xpm文件内容

jackie

1. 使用命令gmx hbond -s md.tpr -f md.xtc -hbm得到的hbmap.xpm文件，文件内容如下（加粗字体）：
/* XPM */
/* This file can be converted to EPS by the GROMACS program xpm2ps */
/* title:   "Hydrogen Bond Existence Map" */
/* legend:  "Hydrogen Bonds" */
/* x-label: "Time (ps)" */
/* y-label: "Hydrogen Bond Index" */
/* type:    "Discrete" */
static char *gromacs_xpm[] = {
"21 13   2 1",
"   c #FFFFFF " /* "None" */,
"o  c #FF0000 " /* "Present" */,
/* x-axis:  290000 290500 291000 291500 292000 292500 293000 293500 294000 294500 295000 295500 296000 296500 297000 297500 298000 298500 299000 299500 300000 */
/* y-axis:  0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 */
"oo o        ooooo oo ",
"  o  o o            o",
"                 o   ",
"   o                 ",
"     o   oo oo       ",
"                  o  ",
"  o o                ",
"o o    o             ",
"            o    o   ",
"                 o   ",
"           o o       ",
"          o          ",
"oooo o     ooo       "


这文件里的圈圈应该是表示氢键，我想问下为什么会有13列的圆圈而且每一列上圆圈的位置也不一样？这代表的是什么意思。

2. 命令gmx mdmat 来寻找蛋白质内两两氨基酸距离最小值，生成的dm.xpm矩阵文件手册里说是可通过工具xpm2ps可以转换成Postscript picture进而可以作图来查看,但是有以下出错消息，想知道为什么没法用xpm2ps来分析？


Command line:
  gmx xpm2ps -f dm.xpm

There is 1 matrix in dm.xpm
Matrix 0 is 348 x 348

-------------------------------------------------------
Program:     gmx xpm2ps, version 2019

Standard library logic error (bug):
(exception type: St11logic_error)
basic_string::_S_construct null not valid

why99

请问第二个问题怎么解决呀？我出现了一样的问题

jackie

程序正常安装使用一般不会有问题

why99

why99 发表于 2021-9-30 16:38
请问第二个问题怎么解决呀？我出现了一样的问题

使用18版可以解决第二个问题