混合体系RMSD计算问题

滚滚滚拉 · 发表于 Post on 2019-12-11 11:56:21

各位好！最近在学习gromacs，在RMSD计算时遇到了一些问题。
体系是药物-混合溶剂体系，平衡了6个ns，MD跑了10 ns，在计算整个体系的RMSD时，结果很奇怪（见下图），是比较平滑上升的曲线，是因为没有平衡嘛？
操作如下：
gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -pbc mol -o new.xtc
gmx_mpi trjconv -f new.xtc -pbc nojump -o nojump.xtc
gmx_mpi rms -s md.tpr -f nojump.xtc -o nojump.xvg -tu ns （选择 0 0）

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-13 23:36:52

对于整个溶液体系计算RMSD没有任何意义
研究RMSD的场合大多都是对单个分子来算的

滚滚滚拉 · 发表于 Post on 2019-12-22 16:57:44

sobereva 发表于 2019-12-13 23:36
对于整个溶液体系计算RMSD没有任何意义
研究RMSD的场合大多都是对单个分子来算的

谢谢sob老师

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[GROMACS] 混合体系RMSD计算问题

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