求助：计算电生理学的镜像双膜的两个盒子的界面如何处理

昊彦祖

各位老师，我想做左图的模拟，两个膜蛋白体系是界面对称的
目前遇到两个问题（右图）：
1.两个盒子拼接的时候，边界处的水分子会有重叠（由于是镜像盒子），我目前的处理是将重叠的水分子去除，会产生一定区域的空隙，然后重新平衡，请问还能怎么处理呢
2.镜像后用VMD看图时，下面蛋白的二级结构不全了，请问这可能是哪出问题了呢
歇息大家

sobereva

拼接后没必要去那么多。甚至于一点都不去，做一下em再跑MD一般也不会有问题

检查pdb里链之间是否有TER分隔，原子名、残基名、端基残基状态是否正确等等

昊彦祖

sobereva 发表于 2019-12-16 17:49
拼接后没必要去那么多。甚至于一点都不去，做一下em再跑MD一般也不会有问题

检查pdb里链之间是否有TER分 ...

谢谢sob老师，我试下
不过下面的蛋白是我直接editconf -scale -1 -1 -1复制的，用vmd看的话就是图中的情况了，有点想不通。

昊彦祖

sobereva 发表于 2019-12-16 17:49
拼接后没必要去那么多。甚至于一点都不去，做一下em再跑MD一般也不会有问题

检查pdb里链之间是否有TER分 ...

sob老师，我没有去除重叠的水分子，直接跑em，用的是您培训时的em.mdp，有如下报错，请问需要改什么吗
Polak-Ribiere Conjugate Gradients:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =        10000
   F-max             =          inf on atom 39342
   F-Norm            =          nan

段错误(吐核)
增：原来是只把z坐标取反导致斥力无穷大；
我改成xyz坐标全取反再拼，就能执行em了，谢谢sob老师