求助如何使用molclus检索含有两种不同元素的原子团簇？

suosuosky

sob老师，您好！有一个关于molclus使用的问题想咨询您。


我之前使用molclus检索了包含一种过渡金属（个数为1）的原子团簇，可以限制只搜索笼状构型，结果也很好。

但是之前检索的只包含一个过渡金属原子。如果过渡金属增加个数（变成2或者3），我尝试检索，构型却比较很乱。

比如您之前举例模拟光电子能谱的Cr3Si12体系，是一个比较对称的构型，但是我用molclus反复尝试过好多次，也没有搜索到。

1-下面是我设置的产生初始构型的条件，但是搜索的构型并不理想。
1 cenxyz 0.0 0.0 0.0
examples/Cr.xyz
2 rmin 2.0 rmax 4.0
examples/Cr.xyz
12 zmin -1.5 zmax 1.5  rmin 2.0 rmax 4.0  
examples/Si.xyz

请问老师我应该如何限制条件来比较快的搜索到想要的对称性比较高的构型？谢谢老师！

2-优化过程：如果先用xtb(gfn 1)优化，得到的构型后，请问老师再用下面的输入文件使用gaussian是否合适？
01：#p b3lyp/6-31G* opt(maxcyc=100)
02：#p b3lyp/6-31G* opt(maxstep=5,notrust,maxcyc=100,gdiis)

sobereva

应当将整个genmer上传。你贴的部分体现不出前头都用了什么设定

genmer并没法在对称性上做约束。原理上只要产生的团簇数目够多，限制合适使得初始结构不离谱，肯定批量优化后能有一个落在图中的结构。

suosuosky

sobereva 发表于 2019-12-23 18:32
应当将整个genmer上传。你贴的部分体现不出前头都用了什么设定

genmer并没法在对称性上做约束。原理上只 ...

谢谢老师的回复。因为我使用的是基本都是默认的设置，所以之前就没有写。
请问老师像类似的原子团簇，如何设置使得产生对称性较好的笼形构型，因为存在多个过渡金属，不知道应该如何设置限制条件？
附件是设置文件和xtb搜索5000构型得到的结果（10核），之后又使用g09按照上面的输入文件进行了重新优化，但是优化了很长时间，也没有得到比较好的结果。
1-请问老师如何设置限制条件搜索更合适一些，可否提一些建议，谢谢老师！
2-请问老师上面的计算思路和高斯的输入文件模板设置是否可以？非常感谢老师！


  ngen= 5000   // The number of configurations expected to be generated. Default: 1
  ngenmust= 0  // The number of configurations must to be generated. Default: 0 (No requirement)
  step= 0.1  // Step size to grow monomer from cluster center, larger value leads to faster   calculation but lower accuracy. Default: 0.1
  ishuffle= 0    // 0: Don't shuffle the sequence of monomer types  1: Shuffle the sequence. Default: 0
  imoveclust= 1    // 1: Move geometry center of the constructed clusters to (0,0,0)  0: Keep initial position. Default: 1
  irandom= 1    // 0: Result of each time of execution will be identical  1: Will be different to due use of different random seed in each run. Default: 1
  iradtype= 0    // 0: Use CSD covalent radii to detect contacts  1: Use Bondi vdW radii. Default: 1
  radscale= 1.0  // Scale factor of atomic covalent and vdW radii. Default: 1.0
  maxemit= 2000  // The maximum number of attempts of emitting monomer. Default: 300
---- Below are number (may with options) and .xyz file of each type of monomer ----
1 cenxyz 0.0 0.0 0.0
examples/Cr.xyz
2 rmin 2.0 rmax 4.0
examples/Cr.xyz
12 zmin -1.5 zmax 1.5  rmin 2.0 rmax 4.0  
examples/Si.xyz

sobereva

把rmin设大点、rmax设小点，让Si只出现在一个薄层上。如果此时产生难以成功，用radscale把半径设小些

如果就是希望三个Cr在最终团簇中排成一个直线，可以一开始就手动把三个Cr挪成直线状，作为一个整体纳入团簇的生成。

另外你也看看直接拿最终你期望的那个团簇结构用xtb优化，能否维持住那个结构。也说不定xtb就是优化不出来那个结构。