gromacs成品模拟结束后取出构型在高斯中优化求助

小潘潘 · 发表于 Post on 2020-1-8 10:23:51

老师，您好，我想请问一下，我采用分子动力学模拟了有机太阳能电池中给受体复合的堆积方式，首先在盒子中加入大量的给体和受体材料，然后进行能量最小化，nvt,npt以及成品模拟，最后挑选出给受体复合物模型，由于盒子中的给体和受体材料收到周围分子的挤压，使分子不能保持原来很好的平面结构，出现的扭曲，打破了原来的共轭，其单双键的排列方式与优化出的单体的单双键排列方式不同。然后我想将截取出来的给受体复合物模型放在高斯中优化，请问老师我需要将复合物的单双键的排列方式手动调节成和优化出的单体的单双键排列方式一样吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-8 21:19:50

gview里设成什么键对于量化计算毫无影响，只有初始坐标才可能影响优化的结构

如果经过量化优化后，某些键长、二面角等相对于起初的分子结构变得明显不合理，这时候需要手动调整初猜结构再重新优化

小潘潘 · 发表于 Post on 2020-1-9 08:26:53

非常感谢老师

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[GROMACS] gromacs成品模拟结束后取出构型在高斯中优化求助