气体吸附反应路径的过渡态搜索问题

Abner · 发表于 Post on 2020-1-16 17:13:06

本人在计算O2吸附在含氮焦炭表面的反应路径，在进行过渡态搜索时，发现无法复现文献里的反应路径（文献里都是在二维平面内反应，本人计算出来的在三维立体内），所以有以下两个问题：
1 气体吸附在含氮焦炭表面的第一步应该如何计算?(文献里说都是无势垒反应，直接从中间体开始计算，那么这个中间体是如何计算出来的？）
2 所有相关文献都是在二维平面内进行了，为什么我的过渡态搜索会出现三维立体结构？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-17 02:39:15

文献说了计算用的五重态？

刘小英雄steven · 发表于 Post on 2020-1-17 13:31:13

首先，自旋对反应路径影响很大，IM需要选取为基态，多算构型选择最稳定的。其次，比较你的结构和文献能量，从吸附能上很容易比交出谁的更稳定吧

Jack · 发表于 Post on 2020-1-17 14:02:15

文献能否分享一下？谢谢！

Abner · 发表于 Post on 2020-1-17 16:37:57

本帖最后由 Abner 于 2020-1-17 16:53 编辑

sobereva 发表于 2020-1-17 02:39
文献说了计算用的五重态？

文中没有说，但是有这句话“本文所有优化的结构均为电子基态，这主要是通过对不同自旋多重度下的分子结构进行单点能计算比较得到。”
我自己通过能量计算算出来的基态是五重态，用的是B3LYP/6-31G（d）。辛苦sob老师

Abner · 发表于 Post on 2020-1-17 16:45:16

Jack 发表于 2020-1-17 14:02
文献能否分享一下？谢谢！

文件太大，无法粘贴，是一篇博士论文，有疑问的反应路径在2.4.1节，知网上可以搜到该文献，具体信息如下：
[1]张秀霞. 焦炭燃烧过程中氮转化机理与低NOx燃烧技术的开发[D].浙江大学,2012.

Abner · 发表于 Post on 2020-1-17 16:48:20

刘小英雄steven 发表于 2020-1-17 13:31
首先，自旋对反应路径影响很大，IM需要选取为基态，多算构型选择最稳定的。其次，比较你的结构和文献能量， ...

对不同自旋多重度下的分子结构进行单点能计算，比较得到最低能量是五重态，方法和基组为B3LYP/6-31G（d）

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-18 16:41:08

B3LYP/6-31G*级别太差，改成M06-2X/6-311G*。并且分别测试优化后的结构的能量，别光用单点对比

Abner · 发表于 Post on 2020-1-18 16:44:57

sobereva 发表于 2020-1-18 16:41
B3LYP/6-31G*级别太差，改成M06-2X/6-311G*。并且分别测试优化后的结构的能量，别光用单点对比

好的，我计算一下，谢谢sob老师

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