求助QM/MM中氨基酸残基固定的问题

hhhnano · 发表于 Post on 2020-2-4 23:55:43

本帖最后由 hhhnano 于 2020-2-5 00:05 编辑

各位好，我在设置QM/MM时，划分QM区时，采用命令：
resname HL6 or resid 31 101 102 159 218 247 3116 3169 5666 5906 7709 8425
得到图1，原子数较多，于是参考文献对部分氨基酸残基进行固定，采用命令：
serial 30 31 32 33 34 76 100 101 102 103 105 124 125 126 128 130 133 137 142 143 146 147 159 163 187 188 191 218 220 247 278 3116 3169 5666 5906 7709 8425

得到图2，可是得到的图有几个小点，不知如何处理？最终想实现图3的效果。
特请教大家，非常感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-5 06:43:54

问题意义不明，什么叫“小点”？图2里的圆点明显是单个孤立的原子。恰当用选择语句选择就完了，参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

hhhnano · 发表于 Post on 2020-2-5 09:03:17

谢谢sob老师，我仔细研究研究。

jiangyy · 发表于 Post on 2020-6-21 21:37:38

请问这个问题您解决了吗，我最近也在学习这块，方便加个联系方式吗，QQ814941276

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