在跑NVT的时候莫名停止了

ycmingjing

这个是我的设置参数，其他都是默认
my $results = Modules->Forcite->Dynamics->Run($doc, Settings(
        CurrentForcefield => "COMPASSII",
        AssignForcefieldTypes => "Yes",
        Ensemble3D => "NVT",
        Temperature => 1000,
        NumberOfSteps => 50000,
        TrajectoryFrequency => 1000,
        Thermostat => "Nose",
        Barostat => "Andersen",
        EnergyDeviation => 5e+020));
my $outTrajectory = $results->Trajectory;

这个是输出结果
---- Dynamics parameters ----

Ensemble                        : NVT
Temperature                     : 1000.00 K
  Control method                : Nose
  Q ratio                       : 0.0100000
Timestep                        : 1.00 fs
Number of steps                 : 50000
Duration                        : 50 ps
Initial velocities              : Random
Random number seed              : 1585792138

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : COMPASSII (Version 1.1)
Charges                         : Forcefield assigned
Electrostatic terms:
  Summation method              : Ewald
  Accuracy                      : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 12.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Long range correction         : YES
  Buffer width                  : 0.5 A


Energy contributors with missing parameters:
    Angle Bend                  : (c4 n2z n2=)

Energy contributors using automatic parameters:
    Angle Bend                  : (c4 c4 n3o), (n2z n2= n)

---- Thermostat ----

Nose mass parameter, Q mass: 1341.3 kcal/mol*ps^2

王寓于

我用gmx跑npt也遇到这种情况了，请问您找到是什么原因吗？

sobereva

王寓于 发表于 2020-4-22 19:27
我用gmx跑npt也遇到这种情况了，请问您找到是什么原因吗？

问问题时候一定要描述清楚
M$和gmx莫名其妙停止显然原因天差地别，什么具体信息也没有，你的问法不可能有人给你回答