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[GROMACS] 求助,gromacs能量最小化时出现错误top文件中has mass 0

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本帖最后由 xzb 于 2020-4-6 17:25 编辑

老师们好,我最近在做50聚的聚苯乙烯吸附根皮苷的模拟。我首先用MS画出聚合度为50的聚苯乙烯 分子,然后用ATB得到itp文件,如下图
接着在用packmol构建一个50聚合度的聚苯乙烯和根皮苷分子的初始文件,然后在进行能量最小化的时候,出现错误,如下

top文件内容如下

请问是什么情况呢?希望老师们能帮帮我,谢谢!

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发表于 Post on 2020-4-6 19:48:01 | 只看该作者 Only view this author
charge那一列下面都是%%,显然不行,必须得是原子电荷。
8成是体系太大,导致ATB没法给你算出来电荷。
本来这种聚合物也绝对不应当直接拿拓扑文件产生工具去搞,而应当自己写rtp,通过pdb2gmx来产生(将聚合物视为蛋白质一样由各个单元组合而成)。如果用GAFF力场,单体的原子电荷可以用Multiwfn对寡聚物的模型体系加上约束条件算RESP电荷得到(http://sobereva.com/441),然后整个聚合物的原子电荷就相当于所有单体的拼接
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-6 22:58:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-6 19:48
charge那一列下面都是%%,显然不行,必须得是原子电荷。
8成是体系太大,导致ATB没法给你算出来电荷。
本 ...

好的,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-7 11:01:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xzb 于 2020-4-7 11:18 编辑
sobereva 发表于 2020-4-6 19:48
charge那一列下面都是%%,显然不行,必须得是原子电荷。
8成是体系太大,导致ATB没法给你算出来电荷。
本 ...

sob老师,能不能请问一下rtp文件该怎么书写还有如何把高聚物看成由多个寡聚物组成?本人小白一枚,刚接触分子动力学模拟,问的问题比较低端,希望老师不要生气。

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发表于 Post on 2020-4-8 07:44:09 | 只看该作者 Only view this author
xzb 发表于 2020-4-7 11:01
sob老师,能不能请问一下rtp文件该怎么书写还有如何把高聚物看成由多个寡聚物组成?本人小白一枚,刚接触 ...

先搞清楚蛋白质的拓扑文件是怎么通过pdb2gmx产生的,结合手册搞清楚pdb2gmx的运作机制,照着自带的rtp里各种氨基酸残基的写法自己写出来聚合物重复单元的定义就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-8 16:21:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-8 07:44
先搞清楚蛋白质的拓扑文件是怎么通过pdb2gmx产生的,结合手册搞清楚pdb2gmx的运作机制,照着自带的rtp里 ...

好的,谢谢sob老师,我尝试一下!

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