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[综合交流] 请问利用DPD筛选出了载体体系和药物后,可以用RDG分析这两者之间相互作用吗

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本帖最后由 大王雷 于 2020-4-6 18:11 编辑

老师,请问利用DPD筛选出了载体体系和药物后,可以用RDG分析这两者之间相互作用吗?如果不行,有什么可以探究的方法吗?(也可以是比下图两子分子分子量更小的体系)
药物分子
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发表于 Post on 2020-4-6 19:24:05 | 只看该作者 Only view this author
如果DPD是指耗散粒子动力学,对这种体系用DPD非常莫名其妙,而且跑完了也没法给你原子级别的结构,不可能做RDG分析。

如果你用常规全原子动力学,跑完了之后提取有代表性的一些帧,做优化后再用RDG(可以结合promolecular近似),那倒是可以。不过相对来说更建议用IGM,这样分析分子间作用的时候可以完全避免让分子内的也显示出来,看得清楚。
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
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