在真空条件下进行模拟，如何让温度平衡？

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-14 18:01:44

老师，我最近有些关于MD模拟的基础性的问题想请教下，第一，如果模拟的是真空条件，压力就没有意义了，在跑MD之前是不是不需要进行nvt和npt平衡了？第二，对于真空条件，不进行nvt和npt平衡，那么温度如何给定呢？我理解的是在进行MD之前温度应该是平衡好的

薛定谔的猫 · 发表于 Post on 2020-4-14 20:19:17

直接给热浴就好了，amber好像可以设置，gromacs把盒子设的很大就好了。

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-14 23:52:36

1 是否进行平衡，和是否用PBC条件、是否用控压没有直接关系
2 照常用热浴

平衡过程本来就是通过MD模拟实现的，“进行MD之前温度应该是平衡好的”这种描述本身就不对

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-14 23:53:00

薛定谔的猫发表于 2020-4-14 20:19
直接给热浴就好了，amber好像可以设置，gromacs把盒子设的很大就好了。

gromacs也直接支持非PBC的真空模拟，不用设很大的盒子

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-15 10:01:26

sobereva 发表于 2020-4-14 23:52
1 是否进行平衡，和是否用PBC条件、是否用控压没有直接关系
2 照常用热浴

嗯嗯好的，谢谢老师

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-15 10:01:43

薛定谔的猫发表于 2020-4-14 20:19
直接给热浴就好了，amber好像可以设置，gromacs把盒子设的很大就好了。

嗯嗯，谢谢您

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-16 13:54:07

sobereva 发表于 2020-4-14 23:53
gromacs也直接支持非PBC的真空模拟，不用设很大的盒子

老师请问您有没有适合于非PBC模拟的mdp文件，可以分享下吗？我在写这个mdp文件的时候，老是出错，不太会写。麻烦老师了

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-19 02:10:10

Alan123 发表于 2020-4-16 13:54
老师请问您有没有适合于非PBC模拟的mdp文件，可以分享下吗？我在写这个mdp文件的时候，老是出错，不太会 ...

md_nopbc.mdp (594 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 157)

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-20 22:41:06

sobereva 发表于 2020-4-19 02:10

哇，老师，您太好了，谢谢，谢谢，好感动

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[GROMACS] 在真空条件下进行模拟，如何让温度平衡？