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[综合交流] 用PM7优化的长链烃分子在NPT调密度时发生断裂

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楼主
体系是长链脂肪烃或甘油三酯,如C57H110O6,开始时已经用PM7优化成功。NPT调整密度时,60*60*60的盒子,放置10个甘油三酯分子,温度参数100K,压强参数分别试验过0.1MPa,1MPa,10MPa,50MPa,都会在不久之后就发生链断裂现象。
这是因为PM7太粗糙了吗,应该换用B3LYPD3事先优化吗

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发表于 Post on 2020-4-20 16:09:10 | 只看该作者 Only view this author
你得说清楚用的什么程序跑的MD,用的什么力场、拓扑文件怎么搞的,没有这些根本没法回答
显然MD过程中断裂和你用什么优化毫无关系,这只可能是力场参数有问题或者拓扑信息不合理

对于优化这种普通有机体系,PM7做优化完全没问题。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-21 14:26:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 li447fan 于 2020-4-21 14:27 编辑
sobereva 发表于 2020-4-20 16:09
你得说清楚用的什么程序跑的MD,用的什么力场、拓扑文件怎么搞的,没有这些根本没法回答
显然MD过程中断裂 ...

用的是ADF跑的ReaxFF CHO,拓扑文件是下载的chemspider上的引用量高的。

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发表于 Post on 2020-4-22 04:09:21 | 只看该作者 Only view this author
我不用阿道夫。我不知道你有什么理由必须要用reaxFF。用免费的gromacs跑这个快几个数量级,而且靠GAFF等力场可以很好描述,还不会出现断裂问题。
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