请问gromos96的几种力场之间有什么区别和联系

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-23 09:52:02

本帖最后由 Alan123 于 2020-4-23 10:00 编辑

老师，我有几个关于gromos96力场的问题想了解下：
1. 我看很早之前的文献，作者使用gromos96 45a4力场，现在我使用gromos96 54a7力场重复别人的实验，这样有说服力吗？
2. 我看ATB网站上在选择拓扑文件的时候，可以选择适合于gromacs的拓扑文件好像只有gromos96 54a7的itp文件，那么我要想获得gromos96 54a6，54a5，45a4等力场生成的拓扑文件，应该如何做，这些力场有什么区别与联系呢？
3. 在ATB网站选择拓扑文件的时候有全原子和联合力场两种拓扑结构，请问哪个文件模拟的精度更高，更常用呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-23 19:40:16

1 先搞清楚不同版本gromos力场之间的差异，看后来力场的更新内容是否可能对那个人做的研究产生关键性影响

2 gromos越靠后的版本原子类型越多，并且一些力场参数有所不同。仔细看原文就知道不同版本的改进在哪里。没法直接让ATB产生对应于老版本gromos力场的拓扑文件，而且实际上ATB产生的拓扑文件里经常涉及到ATB开发者自己搞的新的原子类型，实际上都不严格算是gromos54A7力场

3 网站上那种写法有误导性。gromos力场本身就是联合原子力场，你就选联合原子力场的就完了。

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-23 19:56:41

sobereva 发表于 2020-4-23 19:40
1 先搞清楚不同版本gromos力场之间的差异，看后来力场的更新内容是否可能对那个人做的研究产生关键性影响
...

嗯嗯，谢谢老师。
我还有两个问题：第一：OPLS-AA是全原子力场，gromos96是联合原子力场，那么在计算有机体系的时候，能不能说OPLS-AA比gromos96更加精确呢？对于有机分子体系哪种更加常用呢？第二：因为联合原子力场把氢原子与它相连的元素考虑在一起，那么在使用gromos96力场的时候，需不需要将氢原子的resp电荷加到与其相连元素的resp电荷上面呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-25 03:00:00

Alan123 发表于 2020-4-23 19:56
嗯嗯，谢谢老师。
我还有两个问题：第一：OPLS-AA是全原子力场，gromos96是联合原子力场，那么在计算有 ...

1 单从这点上来说，全原子力场形式本身更有优势。但是gromos那种全原子力场只不过是把非极性的氢归到重原子上，只要力场参数搞得好，这些氢是否明确地表现出来并不重要。特别需要明确表现的是那些极性的氢，这样的氢在GROMOS力场中是明确描述的。
对于有机小分子我最喜欢用GAFF。

2 需要加

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-25 12:39:30

sobereva 发表于 2020-4-25 03:00
1 单从这点上来说，全原子力场形式本身更有优势。但是gromos那种全原子力场只不过是把非极性的氢归到重原 ...

好的，了解了，谢谢老师

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