求助轨迹分析 协方差作图细节

kunkun

请问下大伙，在MD完之后，如何统一化协方差的color scale...差异太....试了半天xpm2ps中所有的选项都没法搞定。打开xpm里的矩阵都被字母替代了。。难道要全部替换成原来的数值再放回MATLAB里作图么..有木有更简单快捷的方法!

sobereva

字母就是表示的数据值，16进制而已，可以参考比如
https://en.wikipedia.org/wiki/X_PixMap
转换成数据得自行写程序。

你可以修改一下xpm2ps的代码，将color scale弄成固定值而不自动判断就行了，这应该很简单。

kunkun

sobereva 发表于 2015-9-10 08:58
字母就是表示的数据值，16进制而已，可以参考比如
https://en.wikipedia.org/wiki/X_PixMap
转换成数据得 ...

谢谢sob老师给的提示，已经解决了。

kunkun

更新解决办法：帮助有需要的同学~
应该是修改g_covar的相关代码。（看了半天xpm2ps没找到xpm输出color scale的相关判断语句）
在/Users/kunkun/Documents/gromacs-5.0.4/src/gromacs/gmxana下，修改gmx_covar.c。
if (xpmafile)
    {
        min = -1;
        max = 1;
        snew(mat2, ndim/DIM);
        for (i = 0; i < ndim/DIM; i++)
        {
            snew(mat2, ndim/DIM);
        }
        for (j = 0; j < ndim/DIM; j++)
        {
            for (i = 0; i <= j; i++)
            {
                mat2[j] = 0;
                for (d = 0; d < DIM; d++)
                {
                    mat2[j] += mat[ndim*(DIM*j+d)+DIM*i+d];
                }
                mat2[j] = mat2[j];
            }
        }
把最大值和最小值，分别改为-1 ，1 。（其他值也可以）
把下面的两个if判断最大值最小值的语句删掉 保存即可。
重新编译安装gromacs。运行gmx covar -xpma
直接就能得到下图。可以作为标准化的协方差图，观察原子内部的运动。
以下是更新后做的图~

tangzi_via

楼主请问一下您，对角线的原子的协方差不应该是1吗？我看您的矩阵似乎对角线深浅不一，他原始的最大值和最小值是0.442和-0.12，不知道是哪里我理解得不对吗？