Gromacs可以进行含有铜离子的蛋白质的分子动力学模拟吗？

五支折断的箭 · 发表于 Post on 2020-5-2 18:36:29

各位前辈好，我想请教一下Gromacs可以进行含有铜离子的蛋白质的分子动力学模拟吗？我在进行模拟时，在使用pdb2gmx指令后，会出现：如下错误
Fatal error:
Residue 'CU ‘ not found in residue topology database
有什么办法可以解决吗？是不是需要在atomtypes.atp中添加参数呢？请前辈指点。

苏玖染 · 发表于 Post on 2020-5-2 20:49:29

金属蛋白需要考虑尝试Amber的做法，Amber有专门的教程

五支折断的箭 · 发表于 Post on 2020-5-2 22:59:41

苏玖染发表于 2020-5-2 20:49
金属蛋白需要考虑尝试Amber的做法，Amber有专门的教程

好的，谢谢了

五支折断的箭 · 发表于 Post on 2020-5-2 23:16:29

苏玖染发表于 2020-5-2 20:49
金属蛋白需要考虑尝试Amber的做法，Amber有专门的教程

你好，我还想问一下，我已经做了金属蛋白和有机小分子的对接了，结合的位置并不在铜的旁边，这种情况下如果把铜去掉做分子动力学模拟是否可行呢？感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-3 08:18:42

gromacs可以很好地对含有金属的蛋白体系进行模拟。没有必要非得换成amber

当前报错是因为你用的力场目录下的rtp文件里没有叫CU的残基，让pdb里的残基名与rtp里对应上就能解决。诸如G54A7目录下的aminoacids.rtp里铜有CU+和CU2+两种，你需要根据实际情况将pdb里铜的残基名设为二者之一。

znjnancy · 发表于 Post on 2023-12-27 21:14:22

sobereva 发表于 2020-5-3 08:18
gromacs可以很好地对含有金属的蛋白体系进行模拟。没有必要非得换成amber

当前报错是因为你用的力场目录 ...

sob老师，我是非标准残基小肽和铜离子分子动力学，我已经构建好了amber99sb-ildn力场的非标准残基rtp文件，如果改成g54a7力场，虽然认识铜了，但是非标准残基又要报错了，请问这种情况如何选择力场呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-28 10:01:54

znjnancy 发表于 2023-12-27 21:14
sob老师，我是非标准残基小肽和铜离子分子动力学，我已经构建好了amber99sb-ildn力场的非标准残基rtp文件 ...

用G54A7做什么
Cu用Merz的离子参数，跟AMBER完全兼容

HigherH · 发表于 Post on 2024-4-19 10:41:30

苏玖染发表于 2020-5-2 20:49
金属蛋白需要考虑尝试Amber的做法，Amber有专门的教程

请问能分享一下金属蛋白的amber教程吗，感谢

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[GROMACS] Gromacs可以进行含有铜离子的蛋白质的分子动力学模拟吗？

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