求助使用G09调用xtb插件可以搜索过渡态，却不可以优化结构

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-5-20 11:18:35

在使用G09调用xtb插件时，可以高斯可以正常的搜索过渡态，却不可以优化结构，输出文件重复出现

Generating mol.tmp
Generating mol.xyz via genxyz
Running: xtb mol.xyz --chrg 0 --uhf 1 --grad > xtbout
xtb running finished!
Extracting data from xtb outputs via extderi
130 0 0 F F 1.34D-01 0.00130598 0.00040708 0.00237765 0.00062324 -81.6480996 ----
Generating mol.tmp
Generating mol.xyz via genxyz

snljty · 发表于 Post on 2020-5-20 11:35:33

请说清楚你的xtb版本，G09的子版本以及用的接口的名字，是卢老师写的那个么？是用的最新的么？

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-5-20 13:15:13

snljty 发表于 2020-5-20 11:35
请说清楚你的xtb版本，G09的子版本以及用的接口的名字，是卢老师写的那个么？是用的最新的么？

我的问题已经解决了，应该和版本没有关系。我优化的时候没有添加关键字opt=nomicro，我原本以为只要优化过渡态才需要nomicro，原来普通优化也需要nomicro。

Novice · 发表于 Post on 2020-5-20 15:20:20

普通优化为什么不直接用XTB进行呢，还要用Gaussian接口？

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-5-20 19:29:08

Novice 发表于 2020-5-20 15:20
普通优化为什么不直接用XTB进行呢，还要用Gaussian接口？

计算的结果应该是一样的吧？这样就不用学习xtb的输入输出了

snljty · 发表于 Post on 2020-5-20 21:42:25

星斗如盘发表于 2020-5-20 19:29
计算的结果应该是一样的吧？这样就不用学习xtb的输入输出了

原理上肯定不完全一样，两者优化算法，默认阈值等都不一样。

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-5-20 21:53:32

snljty 发表于 2020-5-20 21:42
原理上肯定不完全一样，两者优化算法，默认阈值等都不一样。

原来不一样呀，那我后面直接学着用xtb吧，不过xtb是不是没有把结果可视化的界面？

snljty · 发表于 Post on 2020-5-20 22:20:35

星斗如盘发表于 2020-5-20 21:53
原来不一样呀，那我后面直接学着用xtb吧，不过xtb是不是没有把结果可视化的界面？

有优化轨迹的xyz文件，用VMD看呀。别的自己看输出文本就好。

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-20 22:48:27

xtb直接优化和通过Gaussian借助我写的接口调用xtb优化不会有什么区别（除非是柔性大体系由于巧合收敛到了不同极小点。但只要恰当调节初猜总能收敛到相同结构）

除非是要基于GFN-xTB理论搜索过渡态，否则完全没必要通过Gaussian调用xtb的方式执行，这种方式优化只会比xtb直接做优化慢得多得多。

xtb直接用也没什么复杂的，一行语句的事，这里都写明了
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421

文中明确写了怎么看轨迹

--opt任务产生的xtbopt.xyz是最后结构的xyz坐标文件，其中第二行是对应的能量。xtbopt.log是含有优化过程每一帧的多帧xyz文件，后缀改为.xyz后就可以拖入VMD查看优化轨迹。

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-5-20 23:04:44

sobereva 发表于 2020-5-20 22:48
xtb直接优化和通过Gaussian借助我写的接口调用xtb优化不会有什么区别（除非是柔性大体系由于巧合收敛到了不 ...

好的，谢谢社长

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